嘧菌酯杀菌谱广，除了乳油外，可溶于甲醇、乙腈等各种溶剂，几乎对所有的真菌界病原菌都有着很好的活性。不过，虽然有诸多优点，但是值得一提的是，使用嘧菌酯要注意防药害。
　　嘧菌酯作为甲氧基丙烯酸酯类高效、广谱杀菌剂，以其为有效成分的制剂不仅可以一药治多病，而且可以增加植株的抗病性、提高抗逆能力，特别是其较长的特效期，可减少用药次数和用药成本，延缓作物衰老，拉长收获期，增加总产量。据了解，嘧菌酯几乎对所有的真菌界病原菌都有着很好的活性，所以到目前为止，国内外企业以嘧菌酯为主要有效成分，针对子囊菌亚门、担子菌亚门、鞭毛菌亚门和半知菌亚门等真菌病引发的白粉病、锈病、颖枯病、网斑病、霜霉病、稻瘟病等病害，在我国农业部农药检定所登记了348个农药制剂，包括茎叶喷雾、种子和土壤处理等作用方式，可用于谷物、水稻、花生、葡萄、马铃薯、果树、蔬菜和草坪等作物。
　　除了不能与乳油混用外，嘧菌酯还有一个必须控制的问题便是药害。黏稠度、溶解度和渗透性是嘧菌酯重要的指标，而且三者之间有着密切的联系，特别是因其本身就具有很强的内吸性和跨层传导性，所以在没有助剂的缓和下，非常容易产生药害。在这种情况下，植保界才产生了一个常识性的认识，就是嘧菌酯类的农药不能与有机硅类的增效剂混用。因为它本来就需要控制了，再加剧是适得其反。从这方面说，这些性能越突出就越危险，所以在生产工艺中，一般的厂家都会自觉不自觉地强调用药安全性的问题，并通过相关的助剂来实现其性能“刹车”的功能，防止其产生药害。
　　嘧菌酯被广泛地开发和应用，给农业生产带来了切实的病害防控效益，但也时不时地听到各地传来药害的声音。比如保护地番茄或果园内，都曾发生过因嘧菌酯不合理使用而产生的药害。所以，在产品推广中，过分强调嘧菌酯的性能指标，夸大其中某一点，而不注重科学安全用药，都可能会造成因使用不当而产生药害的危险。