香椿种子由于发芽较慢，如直接进行叠盘催芽易发生霉烂，在大规模工厂化生产中一般采取二段式催芽方法，即对整个催芽过程分二段进行。先对种子进行常规催芽（不叠盘），待幼芽露白后再进行播种和叠盘催芽。
      二段式催芽法操作步骤：先清洗育苗盘，在盘中铺一层湿润的白棉布，将已经浸种的香椿种子播入育苗盘中，每盘播种子750～1000克（干种子重量），再在种子上面覆盖湿的白棉布，上下铺垫保湿盘，放在催芽车间进行催芽管理，温度控制在20～23℃，每天应对种子进行1次淘洗，并进行2～3次翻倒，同时对保湿盘进行喷水，以保持种子适宜温度、湿度和通风条件，使种子发芽均匀。以3～4天后，当大部分种子的芽长已达1～2毫米时应及时播种，进行第二段催芽，但要注意种芽不可过长，否则播种时易受伤害。第二段催芽的步骤：在洗净的育苗盘中铺二层纸张或一层白棉布，也可采用珍珠岩作栽培基质。将经过第一段催芽的种子播入其中，每盘播种子30～50克（原干种子重量），进行叠盘，每摞叠5～6盘，放在催芽车间的栽培架上，上下铺垫保湿盘，进行催芽，温度控制在 20～23℃，每天喷水1～2次，经5～6天，待芽长0.5～1厘米时，移入栽培车间，进行生产期管理，完成二段催芽管理。
      在进行二段式催芽时，注意当芽苗高度已达到出盘标准时，应及时进行出盘，叠盘催芽时间过长，常由于湿度较大或温度较高而导致烂种等病害发生。此外，还常会引起徒长，使芽苗菜柔弱、细长，中后期易倒伏。生产上一般在芽苗“站起”后即可出盘，但过早出盘将增加出盘后的管理难度，芽苗生长也难达到整齐一致。

  如果采用珍珠岩作基质，则在播种后可直接移入栽培车间，不再进行第二段叠盘催芽，出苗前一般也不需以常喷水，可根据珍珠岩的干旱情况，酌情喷水一次。