1、具有净水作用的微生物制剂

　　单一菌株有光合细菌、芽孢杆菌、蛭弧菌等；复合制剂主要是仿制或引进国外的商品。此类水产微生物制剂可以迅速降解水体中的残存饲料、鱼类的粪便及其它有机物，特别是可以清除池塘长时间的养殖水体底部；同时，还能吸收利用养殖水体中的氨、亚硝酸盐、硫化氢等有害物质，能有效避免固体有机物和有害物质的积累。这些藻类为主的浮游植物所产生的光合作用，又为池塘底栖动物，水产动物的呼吸，有机物的分解提供氧气，从而形成池塘良性的生态循环。促使有益微生物的大量繁殖，在池塘内形成优势种群，可抑制病原微生物的繁殖，减少疾病发生。

　　2、具有肥水作用的微生物制剂

　　目前，水产微生物制剂大多是应用在净水，主要是调节水质，在肥水方面用得不多。而养殖者所说的肥水就是水体中的浮游植物特别是浮游单细胞藻类(绿藻、硅藻等)利用水体微生物制剂分解养殖生物排泄物、残饵以及浮游植物残体等的有机物转变为简单的化合物及无机元素作为自己的营养物质，在水产微生物制剂的理化和高效化的作用下，迅速大量繁殖起来，使得水体变得肥绿、嫩爽。