复合肥具有养分含量高、副成分少、物理性状好等优点，对于平衡施肥、提高肥料利用率、促进作物的高产稳产有着十分重要的作用。但它也有一些缺点，比如它的养分比例总是固定的，而不同土壤、不同作物所需的营养元素种类、数量和比例是多样的。因此，施用时应该注意针对性。
　　因土选用。对微碱性、有机质含量偏低、有效氮和磷缺乏的土壤，一般应选用酸性复合肥，如磷酸一铵或腐植酸类氮磷钾复合肥、氮磷复合肥为宜；对酸性土壤，有机质含量低的土壤，则应选用碱性复合肥或有机复合肥；富磷或富钾土壤可选用针对性强的二元复合肥。
　　因作物选用。一般大田作物选用氮磷复合肥料，小麦或高产吨粮田，应选用氮磷钾三元复合肥；小麦、水稻等密植作物，适宜用粉状复合肥；稀植中耕作物如玉米应选用颗粒状复合肥；蔬菜尤其是果菜和根菜类及果树等经济作物需钾较多，应选用含钾较高、低氮的氮磷钾复合肥，不仅增产而且有利于改善作物品质。另外，复合肥料中的钾有两种，一种为氯化钾，另一种为硫酸钾。氯化钾对忌氯作物如葡萄、甘薯、马铃薯、烟草等千万不能施用。凡复合肥料袋上没有标“S”符号的，其钾皆为氯化钾型钾。
　　因施用方法选用。为提高复合肥的肥效，不同施用方法应选不同剂型复合肥料。作基肥施用时，必须选用颗粒状复合肥，而且颗粒的硬度愈高愈好，以利延长肥效，同时还要选用复合肥中氮素由铵态氮配成的复合肥，以利提高氮素的利用率。如作追肥施用，则应用粉状复合肥，以利加快肥效，而且要注意复合肥磷素中的水溶性磷含量应大于40％，氮素由铵态氮和硝态氮两种类型氮组成的复合肥为宜。