棉花自留种不仅可节约部分生产开支，而且也有效避免了一些伪劣品种的坑农害农。但在选留种时，一定要注意以下“不要”和“要”：
不要选病虫害严重的棉株。枯萎病、黄萎病是制约棉花产量的顽症，棉籽又是病菌的载体，病菌可以随着棉籽迅速传播。因此，对感枯萎病、黄萎病的棉株和抗虫性不好的棉株一定要淘汰(而在重病地表现良好的棉株则可以留种)。
不要选伏前桃和晚秋桃。伏前桃和晚秋桃生长发育不良，成熟度差，铃重轻，种子发芽率低，长势弱。
不要用“剥桃花”的棉籽。有些棉农对发育较为充分的伏桃，仍然有“剥裂嘴桃、摘湿花”的陋习，由于其没有充分成熟，更没有完成后熟作用，绝对不能留种。
不要用喷施过乙烯利的棉籽。喷施乙烯利虽可促棉花早熟5-7天，但对棉籽损伤较大，致使其发育不全，不能做种。
不要用退化严重的品种。棉花是常异花授粉作物，异交率在3%-20%，抗虫棉品种在经过几年的连续繁殖过程中，如果不加以提纯复壮，常因昆虫传粉而造成生物学混杂。对纯度不高的地块应避免留种。
不要选杂交棉品种。杂交棉品种F2代的分离现象十分严重，应避免采用。
不要在水泥地面上晒种。在水泥地面上晒含水量较高的棉籽，会使部分棉籽形成“哑籽”，失去发芽能力。
不要与农药、化肥一起存放。有些农户将棉籽与农药、化肥长期存放在一起，由于通气不良且农药、化肥散发的有毒气体损伤棉籽正常的生理，造成发芽率锐减。
综上所述，建议广大棉农留种应注意“五要”：即要选择品种纯度高的地块、要选择无病虫害的棉株、要抛开田边地头而在地中央选种、要选择“伏桃”、要用完熟的“干花”。
