按照科学的施肥配方进行肥料混配是科学测土配肥的第三个重要环节。测试再准、配方再科学合理，如果不能达到肥料的科学均匀地混配，即使肥料总量和总配肥比例是科学的，但肥料施到具体地块和作物时就不是真正的科学配方肥，就不能实现真正的科学测土配肥和农民节本增收。肥料混配需要解决两个问题，一是谁来混配，二是如何混配。

1.谁来混配

目前的测土配肥行动的配肥混肥的主体是多样的，主要有四种主体：农民自己、肥料经销商、专业配肥站、复合肥生产厂家。除专业混配肥站（厂）以外，其余三个主体都不具备科学生产混配肥的条件，因为专业混配肥站（厂）是使用专业工具、设备和人才从事混配肥生产的部门、企业。测土配肥站使用专业设备后可以实现一户一配，一地一配的针对性混配肥生产，使用专业工具设备后使混配肥生产质量有了规范和有效控制，从而实现真正意义的科学配肥和精准配肥施肥。

2.如何混配

混配肥在70年代从美国兴起，而我国自80年代起也进行了相应推广。然而，迄今混配肥（BB肥）在中国的推行基本上是失败的。失败的原因有三条：一是BB肥厂的经营目的理念不正确。一些BB肥厂把农民的信任视为骗取农民财富的发财机会了；二是BB肥厂没有进行认真的测土配肥，采用的配方不够科学合理，因而没有使农民真正收益；三是混配技术、设备条件不具备。简陋的混配肥厂采用人工、铁锹进行肥料混配，很难把握混配质量。有些有混配设备的配肥站的生产设备条件、技术条件未能达到科学、精确、均匀生产混配肥的要求。因此，解决混配精确、均匀的问题还应从混配设备方面入手。混配肥设备要解决两方面问题：一是计量自动化和计量精度达到配肥要求，并且应尽量排除人为因素。二是混配肥的均匀程度（质量）不受原料的颗粒大小和比重的影响。