(1)杀菌剂造成药害原因分析
　　杀菌剂来自化学合成，有些杀菌剂本身是植物外源激素，过量使用易中毒、产生药害，抑制种子萌发、幼苗生长，降低幼苗免疫功能而感病。据南京农大周明国教授研究，三唑类种子处理与对照相比，对禾谷类作物出苗12天叶面积的生长抑制情况为：抑霉唑15%、三唑醇16%、丙环唑20%、三唑酮22%、氯苯嘧啶醇23%、乙环唑27%、苄氯三唑醇28%、烯唑醇45%。
　　如种衣剂含多效唑、抑霉唑、三唑醇、丙环唑、三唑酮、氯苯嘧啶醇、乙环唑、三唑酮、苄氯三唑醇、烯唑醇等均可降低出苗率，导致幼苗僵化，抑制地上部分的伸长，如抑制小麦苗的叶、根和胚芽鞘的伸长。三唑酮种子处理，造成小麦大面积不出苗，拌种灵对担子菌中的锈菌、黑粉菌、丝核菌有特效，常用于种子处理和土壤处理，但对单子叶作物容易产生药害，0.1%种子处理严重降低小麦出苗率。
　　2005年呼伦贝尔农垦局谢尔塔拉农场3000亩大麦用6%戊唑醇种衣剂拌种，严重抑制出苗和幼苗生长，全部绝产。
　　2005年黑龙江省拜泉县使用含有隐性成分三唑酮35%多?克?福种衣剂，近万亩大豆受药害，严重抑制幼苗生长，严重的粉籽不出苗。
　　(2)杀虫剂造成药害原因分析
　　含有杀虫剂的种衣剂以克百威及有机磷类杀虫剂造成的药害比较常见。克百威用于大豆拌种，安全系数太低，本不应该被登记用于种衣剂，控制在100千克种子用有效成分150克以内安全，但在用量过高或低温等条件下，易抑制大豆幼苗根生长，根畸形，不长须根。
　　克百威3%颗粒剂与大豆种子混播，在大豆孢囊线虫发生中等偏轻条件下防治孢囊线虫，仅有15～20天的趋避作用，药剂失效后继续浸染危害，只能起到减轻危害、推迟浸染的作用，用过呋喃丹的大豆孢囊线虫数量比不用的成倍增加，当孢囊线虫数量达到中等以上时，呋喃丹颗粒剂无防治效果。
　　甲拌磷、乐果、甲基硫环磷、甲基异柳磷基本对大豆孢囊线虫无效果，做种衣剂对地下害虫有效期短，药效差，对大豆不安全。应特别注意的是，受利益驱使，有的生产厂家和经销商宣称有火龙秧子专用肥、专用药，效果奇特，防治大豆孢囊线虫用乐果、甲基硫环磷、甲拌磷等有机磷农药，这些纯属误导。
　　(3)人工合成植物生长调节剂造成药害原因分析
　　根据现代生命科学研究成果，生命是酶的代谢，酶由营养决定，植物营养平衡，酶的代谢就正常，植物生长营养不平衡，植物就会缺某种酶或某种酶不足，会导致内源激素不平衡，进而诱发病害。酶是生命之本，植物激素是辅助酶，受酶的控制，酶受植物营养控制。
　　人工合成植物生长调节剂的使用是人类认识的误区。人工合成的外源激素与植物没有亲和性，赤霉素、芸苔素、萘乙酸、吲哚乙酸、吲哚丁酸、复硝酚钠等及其混配制剂，在严格使用条件下，如使用时期、用量、浓度、环境等表现为在某个阶段直观上是有效的，多次使用严重影响农产品质量和效益，应已经成为农业生产第一大公害。
　　(4)微量元素造成药害原因分析
　　植物种子本身是营养平衡的，因此，作物幼苗期不缺任何营养。
　　在种衣剂中混入人工生产的微量元素也有可能是一个错误，或可造成植物营养的不平衡，从而造成微量元素中毒。
　　锌、铁、锰、硼、铜、钼、氯等称为微量养分元素，占作物体内干物质的万分之几到百分之几，甚至更少。微量元素主要来源于土壤，微量元素供应不足的原因一是土壤本身含量偏低;二是受土壤生态条件环境影响，如受土壤pH、水分、质地、通透性等的影响，有效态微量元素少;三是重视化肥使用，忽视有机肥使用，恶化了土壤生态环境;四是重视主要元素，忽视中微量元素的补充。
　　土壤中各营养元素之间有个平衡制约关系，如氮大都抑制植物对钾、硼的吸收，钾大都抑制植物对硼的吸收，磷大都抑制植物对钾、铜、锌的吸收，铜大都抑制植物对铁、锰的吸收，锌大都抑制植物对铁的吸收，锰大都抑制植物对钼、铁的吸收，镁大都抑制植物对氮、磷、钾、钙的吸收。
　　如1993年黑龙江省推广的一款拌种灵，含硫酸锌66%、硼砂13%、钼酸铵1%，用种子量2%拌种，锌、硼分别超过常规用量3.3、6.5倍，轻者推迟出苗3～5天，须根少、烂根，根茎弯曲，真叶卷缩，叶缘发黄，出现明显缺铁症状，重者烂根、烂种不出苗，大豆使用面积400多万亩，其中130万亩不出苗。
　　(5)辅助剂造成药害原因分析
　　种衣剂选用辅助剂多是化学合成的，选用不当也会导致药害。
　　(6)有效成分加工工艺问题
　　克百威不同加工工艺对作物安全性有差异。一是用高含量的呋喃丹经过热熔加工成35%呋喃丹种衣剂，对作物安全性好;二是用高含量的呋喃丹经过粉碎加工成35%呋喃丹种衣剂，对作物安全性就差一些，原因是颗粒较粗。