在烟草种植过程中，农药的安全合理使用是烟草病虫害综合防治中的重要手段。安全合理使用农药不但可以充分发挥农药防治烟草病虫害的效果，而且能最大限度地降低农药使用量、降低防治成本，更能有效保证烟叶中农药残留低于国家或国际上规定的农药残留标准，从而使烟叶更优质、安全。
    因此，结合烟草作物生长特点，在使用农药时应采取对症、适时、适量、均匀、轮换、科学混配等方法。
对症施药
    农药的品种很多，药效特点不同。因此，在对烟草作物用药前，必须分清烟草作物发生的是什么病虫害，选择对症的农药品种，否则，不但影响防治效果，增加防治成本，而且可能造成烟叶农药残留量增多。如目前烟草作物上不少生理性病害被误认为侵染性病害，采用杀菌剂防治，对病虫害起不到防治效果。
适时施药
    烟草的施药期应根据烟草病虫害的发生期及烟草生育期而定，切不可盲目施药。一般根据当地烟草病虫害预测预报部门提供的病虫发生情报，结合田间病虫发生调查，在病虫发生初期进行防治。不少地方的烟农因具有恐病、恐虫等心理，不论烟草有病无病、有虫无虫，三天两头施药，结果，不仅费工费时，增加成本，还影响了烟草作物生长。对这种现象，应当及时加以制止。
适量施药
    在对烟草喷施农药时，必须根据使用说明书推荐用量使用，不可随意增减，否则将造成烟草药害或影响防治效果。一般先按说明书上药量的下限用药，随着药剂使用年限增加，再增加到说明书上用药量的上限使用。
均匀施药
    药剂只有均匀地喷洒在烟草或病虫表面，才能取得良好的防治效果。因此，施药时，必须考虑病虫害的发生特点和药剂的使用特性，确保病虫全面接触药剂。如烟草发生叶斑类病害，喷洒药剂时，应注意上下叶片、叶片正反面都要均匀喷洒到。
轮换施药
    对一种烟草病虫害长期反复使用一种农药，很容易使这类病虫害对这种农药产生抗药性，久而久之，使用这种农药就无法控制和预防这类病虫的危害。因此，轮换、交替使用农药，对防治对象使用作用不同的农药，可以避免烟草病虫产生抗药性。
严格按安全间隔期采收
    安全间隔期是指农药安全使用标准所规定的某种农药在作物上最后一次施药距收获的天数，主要为保证收获时农药残留量能降到允许的含量以下。因此，在烟草采摘收获前的一段时间内，禁止使用农药。如烟草病虫害发生面积大，而且确实需要喷施农药，应延长烟草采摘收获时间，达到安全间隔期。
科学混用农药
    目前，农药在使用过程中，混配交叉使用的现象非常普遍。合理科学地混用农药，可以提高防治效果，延缓或抑制烟草病虫产生抗药性，兼治不同种类的病虫，节省人力和用药量，降低成本和毒性，增强对人、畜以及周边环境的安全性。如有机磷类杀虫剂与拟除虫菊酯类杀虫剂的混用等。但并非所有农药都可以混用，遇碱分解的农药不能与碱性较强的农药混用。有些农药在混合后会产生物理或化学变化，对混合后药效降低或产生药害的农药则不能混用。
    一般禁止在田间自行随意混配药剂，农药混配交叉使用需经过专业技术人员进行试验，待证明效果明显、无副作用时，再总结推广使用。