由于棚室菜地施肥量大，冬春季节封闭得严，且气温低、光照弱，蔬菜体内硝酸还原酶活性低，容易积累硝酸盐。如何通过追肥减少蔬菜中硝酸盐的积累，是无公害蔬菜施肥应注意的问题：
    1、禁止施用硝态氮肥。如硝酸铵、硫铵硝酸磷钾、硝酸磷、硝酸钾以及含硝态氮的复混肥，施用后容易使蔬菜积累硝酸盐。因为人体摄入的硝酸盐80%来自蔬菜，硝酸盐在还原条件下，转化为亚硝酸盐，亚硝酸盐与人体肠、胃中的胺类物质合成致癌物质—亚硝胺，导致胃癌、食道癌等多种癌症和糖尿病以及血液中毒和脑、心等器官缺氧，致使呼吸困难、发闷甚至死亡。此外，不宜施含氯化肥如氯化钾、氯化铵等，氯离子能降低蔬菜的淀粉及糖含量，使品质变劣，产量降低，而且残留于土壤中易造成土壤脱钙，引起板结。如硫酸镁、硫酸铵等肥料，施入土壤中，分解出的硫酸根离子，不易被蔬菜吸收而留在土壤中，危害蔬菜生长。禁止施用碳铵，因易挥发大量氨气，易引起氨害。
    2、控制氮肥施用量。氮肥是蔬菜生产不可缺少的肥料，但不能过量施用。要使蔬菜达到国家和国际规定的无公害标准，必须降低蔬菜中的硝酸盐含量。要减少氮肥的施用量，应根据不同蔬菜需肥量而定，一般每亩以10—12公斤纯氮为宜，氮肥要深施，并要与磷钾肥配合施用或施用三元复合肥，施后要及时盖土，最好采用化肥插管渗施或结合膜下滴灌施入根部，减少流失，提高利用率，收获前20前停止追肥。
    3、施用生态有机肥。利用畜禽粪便经过发酵生产的生态有机肥。如果有针对性地配以不同元素，便会形成系列专用肥。生态有机肥有机质含量可达45%，对蔬菜能起到固氮、解磷、解钾的的作用，还能分解农药及化肥的残留物质。生产一吨生态有机肥，如用鲜鸡烘2—2.5立方米，秸秆粉0.2—0.3吨，玉米面5公斤，多维复合酶菌菌种8公斤为原料。先将鸡粪烘与秸秆粉掺合对水，用手捏成团，手指缝有水，但不滴水，松手即散，含水量达到45%为宜，然后，添加玉米面和多维复合酶菌，再进行混合掺匀，不留生块。随即堆成堆，上面覆盖保温膜。春夏秋5—6天即可发酵成熟，冬季需要7—10天成熟。一般堆1—3天，堆内温度上升到80℃以杀死大肠杆菌和虫卵，便可消除鸡粪的臭味。以后堆肥变松散、干一种酒曲香味。堆肥成熟后，稍加晾干便于工作可施用。此外施用生物有机复合肥、腐殖酸类肥料，改良土壤，增加肥力，给无公害蔬菜生长创造良好环境。
    4、实施配方施肥根据不同蔬菜的需肥特点和土壤供肥状况，确定氮、磷、钾及微量元素的适宜用量与相应的施肥技术。据有关部门研究结果表明，大棚蔬菜对氮、磷、钾的最大需求期分别为：黄瓜在种植后75—140天番茄在30 —52天，甜椒在30—60天。最佳化肥（氮、磷、钾）施用比例为黄瓜1∶0.67∶1.83，番茄为1∶0.38∶1.75，甜椒为1∶0.38∶1。蔬菜对微量元素虽说需要极少，但必不可少，使用微肥时面喷洒，应把好用量标准，如硫酸亚铁为0.1%—0.3%，硫酸锌为0.05%—0.2%
硼砂为0.3%—0.5%，钼酸铵为0.02%—0.05%，硫酸铜为0.02%—0.04%可结合防病喷波尔多液，既治病又增肥力。或喷时加尿素 0.1%—0.4%，磷酸二氢钾0.2%—0.3%。注意叶菜不要叶面喷肥，以免增加硝酸盐含量。不宜多施磷酸二铵，一般蔬菜需大量的氮和钾，需磷较少，在开花前后需钾最多，以后逐渐减少。
    5、限制使用激素。有些菜农不讲蔬菜的品质，为了追求高产、早熟、早上市，施用赤霉素（920）、乙烯利、多效唑等激素催长、催熟，大大降低了蔬菜的品质，人们长久食用对身体健康极为不利。