无论干湿鸡粪，未经完全发酵都容易引发大棚毁灭性灾难，造成巨大的经济损失。
　　一是烧根，烧苗，熏棵，死株。严重的成片或者满棚死亡，贻误农时，损失工费和种苗投资。尤其是冬春大棚内施用鸡粪安全隐患最大。
　　二是盐化大棚内土壤，果实不开个。连年施用鸡粪，土壤中存留大量的氯化钠盐，平均每6平方米鸡粪含盐分30～40公斤，而每亩地含10公斤盐分已经严重制约土壤通透性和活性，固化磷肥、钾肥、钙镁锌铁硼锰等重要元素，出现植株生长异常，花蕾稀落，果实不开个等减产现象。
　　三是诱发各种根际病害和病毒病害。由于鸡粪造成植株体内碳氮比失衡，加重土壤盐泽化，致使茎基部和根部组织遭受化学创伤和严重破坏，给自身携带的大量病毒病菌、土传性带病细菌、病毒提供了入口和侵染机会，在合适的湿度和温度条件下极易暴发病害，造成植株萎蔫，黄枯，萎缩不长，无花无果，甚至死亡。病毒病、疫病、茎基腐病、根腐病、青枯病成为施用鸡粪最明显的后遗症。
　　四是大量滋生根结线虫。鸡粪是根结线虫的宿营地和温床，自身携带根结线虫卵的数量为每1000克100个，鸡粪中的线虫卵极易孵化，一夜之间倍增数万，土壤中的线虫在有鸡粪的地块发生率提高500%倍以上。线虫对化学药剂有极为敏感的趋避性，施药后线虫会迅速转移到地下0.5～1.5米的深处躲避，所以很难根治。尤其对于3年以上老棚，根结线虫是最致命的隐患之一。