菠菜是雌雄异株作物其受精过程必须通过风媒的作用将雄株雄蕊的花粉吹落在雌株雌蕊柱头上雌株才能结籽，所以菠菜留种时要格外小心。
　　首先农资小编给大家先介绍一下菠菜植株的性型：一是绝对雄株，只开雄花。二是营养雄株，只开雄花，与绝对雄株比较，基生叶较大，抽薹较迟。三是雌株，仅开雌花，抽薹较雄株迟。四是雌雄同株，同一植株开雌花和雄花，或开“两性花”，花期与雌株相接近。
　　所以当发现菠菜留种田内有部分植株开始抽薹时，立即将绝对雄株菠菜苗和抽薹早的雌株菠菜苗，以及病株、弱株、杂种株等及早拔除掉，然后追肥一次，用来促使种株多发分枝。
　　然后还要陆续拔除一部分营养雄株菠菜苗，通常按每平方米留下3到5株与雌株的比例，同时开花的营养雄株可留作授粉用。
　　再待雌株结籽后，需把全部营养雄株拔除，这样就促进了种籽发育和成熟。
　　当菠菜苗植株茎叶大部分已枯黄，果皮转呈黄绿色时，便可收割种株。需堆放种株3到5天，让其进行“后熟”。
　　最后一步：将种株进行脱粒，再晾干便成功的完成了菠菜苗留种了。