设施桃树的主要病害有细菌性穿孔病、桃黑星病、桃炭疽病、细菌性根癌病、桃流胶病、缩叶病等，主要虫害有桃小食心虫、桃潜叶蛾、蚜虫、红蜘蛛、介壳虫、刺蛾等。这些病虫会严重影响果实的产量及品质，生产中须注意防治。
　　主要虫害
　　桃树萌芽前喷3~5波美度石硫合剂，喷药时一定要保持低温状态，温度高时易引起药害；花芽露红期喷10%吡虫啉可湿性粉剂2000倍液或70%甲基托布津可湿性粉剂1000倍液；落花后7天喷65%代森锌可湿性粉剂400~500倍液或70%甲基托布津可湿性粉剂1000倍液，每隔15天喷1次，连喷3次。为避免产生抗药性，几种药剂应交替施用。
　　蚜虫、红蜘蛛危害 设施桃树的害虫主要是蚜虫，其次是红蜘蛛。桃蚜可用抗蚜威、溴氰菊酯、马拉硫磷等农药防治，也可用苦参碱、烟碱等生物制剂防治。红蜘蛛可用鱼藤酮、苦皮藤素等生物制剂防治，也可选用5%尼索朗乳油1500倍液、20%灭扫利乳油2500倍液、73%克螨特乳油3000倍液、20%扫螨净可湿性粉剂4000~5000倍液、25%三唑锡可湿性粉剂1500倍液、20%三氯杀螨醇乳油800倍液等有效杀螨剂进行防治。上述药剂注意要交替轮换施用。
　　桃小食心虫 桃小食心虫以老熟幼虫结茧在土中越冬，地面防治有两个关键时期：一是越冬幼虫出土期，二是老熟幼虫脱果期。地面防治每亩可用15%乐斯本颗粒剂2公斤或50%辛硫磷乳油500克与细土15~25公斤充分混合，均匀地撒在树干下的地面，将药土与土壤混合、整平。乐斯本用1次即可，辛硫磷应连施2~3次。也可用48%乐斯本乳油300~500倍液在越冬幼虫出土前喷湿地面，耙松地表即可。幼虫初孵期，可对树喷施48%乐斯本乳油1000~1500倍液，对卵和初孵幼虫有强烈的触杀作用；也可喷施20%杀灭菊酯乳油2000倍液，或10%氯氰菊酯乳油1500倍液，或2.5%溴氰菊酯乳油2000~3000倍液。1星期后再喷1次，可取得良好的防治效果。
　　桃潜叶蛾 控制该虫危害的关键是做好第一代和第二代幼虫的防治工作。实践证明，在越冬代和第一代雄成虫出现高峰后的3~7天喷药，可获得理想效果。如果错过了上述防治期，那么只要在下一个成虫发生高峰后3~7天适时用药，亦能控制虫害发展。可选用氯氰菊酯、杀螟丹、杀螟硫磷等农药防治，也可用苏云金杆菌、阿维菌素等生物制剂防治。
　　主要病害
　　病害以预防为主。冬季一定要彻底清园，并深翻树盘，以减少初浸染源；疏花疏果，及时摘除病花、病果，放进塑料袋带出温室深埋或烧毁；控制灌水量及灌水次数，在花期及幼果期，即使阴天多、温度低，也应及时放风。此外，采用地膜覆盖可减轻灰霉病的发生。开花前要喷1次预防药剂，落花后也要每隔10天喷1次，连喷2~3次。可选用的药剂有50%速克灵可湿性粉剂1500倍液、50%苯菌灵可湿性粉剂1200倍液、50%灰霉宁可湿性粉剂600倍液、50%多菌灵500倍液与50%福美双500倍液混合液、75%百菌清600倍液与70%代森锰锌500倍液混合液。注意交替施用，以免产生抗药性。
　　细菌性穿孔病 主要危害叶片，其次危害果实和新梢。多施有机肥、沼气肥，以增强树势；合理修剪，使树体通风透光良好，同时要彻底清除枯枝、病叶和落果，将其集中烧毁或深埋，以消除越冬菌源；温室升温后，特别是在花期，要严格控制温度，控制灌水次数和灌水量，及时通风换气。如果前一年穿孔病发生严重，在桃树展叶后，可喷布50%福美双500倍液，或65%代森锌500倍液，或70%代森锰锌500倍液进行防治，一般每隔10~15天喷1次，共喷3~4次。
　　炭疽病 用3~5波美度石硫合剂在萌芽前喷雾，也可用退菌特、甲基托布津在开花前、落叶后和幼果期喷雾。