生长后期的病害主要有晚疫病、坏疽病、干腐病及软腐病等，做好后期管理对马铃薯安全生产至少有三个方面的作用。一是收获前一个月对马铃薯病害的有效控制，能增加鲜薯产量11.3-27.8%，特别是晚熟品种增产效果尤为明显；二是控制好病害能减轻窖藏期间多种病害发生，减少烂窖，减少种薯和块茎损失；三是降低种薯带菌率及来年马铃薯多种病害的发生。具体操作措施分述如下：

　　1、中后期喷药防病：分别在9月上旬和中下旬，即收获前30天喷药2次，重点喷施茎杆和茎基部。可选用32.5%苯醚甲环唑？嘧菌酯悬浮液600-1000倍液、68%精甲霜。锰锌500-700倍液、2%噻霉酮水剂1500-2000倍液， 69％安克-锰锌可湿性粉剂等药剂交替使用。

　　2、清除田间植株残体：收获前4-5天首先刈割植株地上部分，并干净彻底清除田外，焚烧或深埋，禁止在田间用马铃薯秸秆覆盖堆放的马铃薯块茎。

　　3、晾晒及挑选：收获时将伤病薯和虫蛀薯拣出，用作鲜食或送加工企业，待窖藏健薯避光晾晒至少1天以上，最好5天左右。

　　4、窖藏前种薯处理：用32.5%苯醚甲环唑？嘧菌酯悬浮液400-600倍液、68%精甲霜。锰锌400-700倍液、70%代森锰锌400-600倍液或克菌丹500-700倍液喷雾薯块表面（以喷湿、不流水为宜），晾干入窖。

　　5、窖体消毒：种薯入窖前彻底打扫窖体，通风排湿，地面可撒生石灰或草木灰吸湿消毒，同时用84消毒液均匀喷洒窖壁及地面或百菌清烟雾剂熏蒸（最好用40％福尔马林50倍液、或每立方米用福尔马林10毫升+高锰酸钾7克闷窖48小时，或每立方米用硫磺粉3克熏蒸），然后打开窖门，散去药味2天后种薯或薯块方可入窖。

　　6、加强薯窖管理：在贮藏初期，从入窖到11月底以降温散热为主，窖口通气孔要经常打开，做到白天大开，夜间小开或关闭，保持窖内温度1～4℃。贮藏中期，12月-翌年2月主要防寒保温，经常检查窖温，控制温度1～4℃，相对湿度85％左右。贮藏末期，3-4月窖内以降温为主，保持温度1-4℃、相对湿度85％左右，同时注意避光以防止种薯变绿发芽。