微肥可用作基肥、种肥和追肥。用作基肥的量要比氮、磷、钾肥料小。

锌肥(7水硫酸锌)在粮食作物上每亩用1～2公斤，锰肥(硫酸锰)用2～4公斤，硼肥(硼砂)用0.4～0.5公斤，钼肥(钼酸铵)只用10～25克，一般在严重缺乏某种微量营养元素的地块才施用基肥。由于用量少，可以和大量元素肥料、土或有机肥混合施用，或用水溶解后，喷在有机肥上，随着有机肥一同施用。微肥做种肥主要是用于拌种或浸种。拌种按每公斤种子用锌肥5克或钼肥2～3克，用适量水溶解，用喷雾器喷在种子上，或将溶液与种子放在同一溶器中搅拌，晾干后播种。浸种可用0.02%～0.05%的硫酸锌或硼砂溶液，浸泡时间小麦、玉米为6～12小时，水稻可浸泡1～2昼夜。追肥可土施，但更为常用的是喷施。通常用0.1%～0.3%的7水硫酸锌或硼砂，0.1%～0.2%的硼酸，或0.05%～0.1%的钼酸铵溶液喷施两次以上。对一年生作物，在苗期至开花期每隔7～10天喷一次。果树在花蕾期和花期喷施。水溶性微肥可作基肥、种肥和追肥，难溶性微肥常用作基肥。微肥的用量和浓度在没有经过试验的情况下不可随意增加，以免毒害作物。