菠菜种子是胞果，其果皮的外层有一层薄壁组织，可以通气和吸收水分，而内层是木栓化的厚壁组织，通气和透水困难。据试验，除去果皮的菠菜种子较未去果皮的发芽率和发芽势均有所提高。菠菜种子在高温条件下发芽缓慢，发芽率较低，在25⁰C发芽率80%，发芽日数约4天；30⁰C时发芽率约70%，发芽日数约4天；35⁰C发芽率仅20%，发芽日数8天。为此，有许多地方在早秋播种时，常先进行种子处理。

（1）破种处理 如在播种之前将聚合在一起的种子搓散，除去种子上的剌，然后浸种催芽。有利于种子发芽，出苗又整齐又快。比干种子直播早出苗3～5天。

（2）低温处理 许多地方在早秋播或夏播进行种子处理时，用凉水浸种12小时，放在4⁰C的冷库或冰箱冷藏室里处理24小时，而后在20⁰C～25⁰C条件下催芽。也可将浸种后的种子吊在水井的水面上催芽。3～5天出芽后播种。

（3）过氧化氢溶液处理

过氧化氢浸种能有效去除菠菜种子表皮的胶质层，提高菠菜种子的发芽率，是菠菜播种后出苗快且整齐。方法是，将过氧化氢溶液按1：4比例对水，经充分搅拌配制成20%～25%的过氧化氢水溶液。将配制好的过氧化氢水溶液盛于容器中，倒入种子时应边倒边用木棒搅拌，使种子都能均匀吸水。当气温低于20⁰C时，浸种时间需100～120分钟；气温高于20⁰C、低于30⁰C时，浸种时间60～90分钟；气温高于30⁰C以上时，浸种时间30～50分钟即可。种子催芽浸种后将种子从过氧化氢水溶液中捞出，随即用清水冲洗3～4次（边冲边滤水），滤水后盛于容器中用湿布巾覆盖催芽。若种子成熟适度且饱满，一般5～6天就有85%以上的种子发芽，播种后2～3天即可齐苗，比常规播种提前6～8天出苗。用过氧化氢水溶液浸种处理前，应把自留的或购买的菠菜种子选择晴天太阳下晒4～6小时，并剔除杂物和不饱满的种子，用百菌清水溶液对已经浸种催芽处理的种子进行灭菌处理，浸种催芽灭菌处理后的种子应及时播种，大田（大棚）土壤要求湿润，播种后覆土1～1.5厘米并加压，使土壤与种子吻合，再用稻草帘覆盖，待有10%～15%的幼苗出土时将草帘掀开。