温室内湿度大、通风差、光照弱，要想控制番茄徒长，预防病害发生，促进花蕾及果实发育，获得较高的产量，合理整枝是一项关键技术。对番茄进行整枝可以控制病害发生、提高座果率、提早成熟、增加单果重、提高果实整齐度，使果实发育及着色良好，可明显增加产量和改善品质。
　　一、单干整枝法单干整枝法是目前番茄生产上普遍采用的一种整枝方法。进行单干整枝时每株只留一个主干，把所有侧枝都陆续摘除，主干也留一定果穗数摘心。打杈时一般应留1~3片叶，不宜从基部掰掉，以防损伤主干。留叶打杈可以增加营养面积，促进植株生长发育，特别是可促进杈附近的果实生长发育。摘心时一般在最后一穗果的上部留2~3片叶，否则这一果穗的生长发育将会受到很大影响，甚至落花落果或发育不良，产量、品质明显下降。单干整枝法具有适宜密植栽培、早熟性好、技术简单等优点，缺点是用苗量较大，提高了成本，且植株易早衰，总产量不高。
　　二、双干整枝法双干整枝法是在单干整枝法的基础上，除留主干外再选留一个侧枝作为第二主干结果枝。一般应留第一花序下的第一侧枝，因为根据营养运输由"源"到"库"的原则和营养同侧运输原理，这个主枝比较健壮，生长发育快，很快就可以与第一主干平行生长、发育。双干整枝法的管理分别与单干整枝法的管理相同。双干整枝可节省种子和育苗费用，植株生长期长，长势旺，结果期长，产量高，其缺点是早期产量低且早熟性差。
　　三、改良式单干整枝法在主干进行单干整枝的同时，保留第一花序下的第一侧枝，待其结1-2穗果后留2-3片叶摘心。改良式单干整枝法兼有单干整枝法和双干整枝法的优点，生产上值得推广。
　　四、三干整枝法在双干整枝的基础上保留第一主干第二花序下的第一侧枝或第二主干第一花序下的第一侧枝做第三主干，这样每株番茄就有了3个大的结果枝。这种整枝法在栽培上很少被采用，但在番茄制种中有所应用。
　　五、连续摘心换头整枝法当主干第二花序开花后，基部留2-3片叶摘心。主干就叫第一结果枝，保留第一结果枝第一花序下的第一侧枝做第二结果枝。第二结果枝第二花序开花后，在其上留2-3片叶进行摘心，再留第二结果枝上第一花序下的第一侧枝做第三结果枝，依此类推。每株番茄可留4-5个甚至更多的结果枝。对于樱桃番茄等小果型品种，也可采用三穗摘心换头整枝法，但应用这种整枝法要求肥水充足，以防植株早衰。
　　六、倒"U"形整枝法结合搭弓形架，先将番茄进行单干整枝管理，然后绑到架上，弓形架最高点与番茄第三穗果高度基本一致。这样，番茄植株上部开花结果时，上部花穗因为弓形架高度的降低而降低，从而改善了它的营养状况，提高了上部果穗的产量、品质。采用这种整枝方法要经常去老叶、病叶，以防植株郁闭，影响通风透光。
　　对于发生病毒病的植株应单独进行整枝，避免人为传播病害。在整枝过程中，对植株上不做结果枝的侧枝不宜过早打掉，一般应留1-2片叶制造养分，以辅助主干生长。打杈、摘心应选晴天下午进行，以利伤口愈合，不要在雨天或水未干时进行，防止病原菌感染。此外，结合整枝还应进行绑蔓及植株矫正，及时摘除老叶、病叶及失去功能的无效叶。