选择消毒方式优先采用高压蒸汽灭菌法、常压间歇灭菌法、巴氏灭菌法以及紫外线灯灭菌法等物理手段消毒，化学消毒优先使用碱类、酚类药物，避免使用重金属盐类等消毒剂。
　　处理好原料双孢菇培养料一定要避免受潮霉变或滋生害虫，下面要垫塑料薄膜或用毛毡防潮，上面要遮盖好防雨淋或杂物落入。鸡粪、牛马粪、米糠、麸皮、饼料等易生霉菌，应密封储藏。培养料要经过高温消毒或发酵腐熟，坚持搞好二次发酵。覆土材料必须经蒸汽或福尔马林消毒。
　　调整水量和酸碱度水分要适当，酸碱度要适宜，并随时检测调整。菇房要随时保持良好通风，空气相对湿度不宜超过95%.
　　妥善保管培养基出锅的料瓶或灭菌过的培养基应加以保护，防止二次污染，要加盖纱布或薄膜，入箱熏蒸还要用新洁尔灭等药水擦洗，防止尘埃污染。
　　严格操作规程接种工作技术性强，一定要耐心细致，切记碰擦粘带。对一切用具以及容器，能洗的要洗干净，能熏蒸的要熏蒸，能擦酒精的要擦酒精，能用酒精灯火焰烧的用火焰烧。
　　采用物理方法防治病虫害如用黑光灯诱杀蚊蝇等，培养料充分发酵杀死线虫和瘿蚊，除去腐变的部位，用石灰水消毒。改善环境，调整温度、湿度、pH值。
　　严禁使用有剧毒的农药不使用有机汞制剂或有机磷制剂以及残存时间长，又不易分解的农药，优先使用植物性杀虫剂，如除虫菊、鱼藤、烟草浸出液以及微生物杀虫剂（如苏云杆菌和白僵菌）等。