环境因素水温高低及变化可影响鱼体质和病原微生物的生长繁殖。鱼种类不同，生长发育所需的适温不同；同种鱼类的不同发育阶段，适温不同，对温度变化的抵抗力也不同。水温高于或低于适温，或水温激变，导致鱼食欲下降，新陈代谢减弱，体质下降，抗病能力降低，易被病原微生物感染而致病；水体中的溶氧量直接影响鱼类生存。溶氧量低于1毫克/升时，鱼就会浮头，降低至0.2毫克/升~0.6毫克/升时，鱼因缺氧窒息而死亡。溶氧量过高，鱼苗可患气泡病；大鱼虽对池水酸碱度有较大的适应范围，但以7~8.5为宜。若池水pH值低于5或超过9.5，可引起生长不良或死亡；鱼池中腐殖质过多，鱼类、残饵等被微生物分解，排出硫化氢、沼气、碳酸气等有害气体，使鱼中毒。工业废水造成养鱼池水重金属含量过高，水质污染，使鱼死亡。有毒农药也会引起鱼大量死亡。
　　人为因素放养密度及搭配种类、比例不当，如单位面积内放养过密，或各种鱼搭配比例不当，鱼类相互抢食，饲料不足，生长速度有快有慢，大小参差不齐，瘦弱鱼就易患病；投喂不清洁或变质饵料，或投喂不均匀、不及时，投喂量不准确，残饵过多等；拉网捕鱼或鱼种和新鱼运输时，操作粗放，使鱼体受伤，从而感染细菌、霉菌等；清塘消毒不彻底，没有完全消灭病菌和寄生虫。池塘无独立排灌系统，旧水、污水排放不彻底，引发传染病。
　　生物因素植物性病原体如病毒、细菌、黏细菌、藻菌等。动物性病原体如原生动物、寄生虫、蠕虫、甲壳动物等。此外还有直接或间接危害鱼类的敌害生物，如水鸟、水鼠、水蛇、蛙类、水生昆虫等。
　　内在因素尽管环境中存在病原体，但不一定发病，主要原因是鱼本身有抵抗力。同池放养的草鱼患出血病时，鲢、鳙鱼一般不得该病；白头白嘴病只在体长5厘米以下的草鱼中发生，草鱼的成鱼则不发病；同池同种同龄鱼在流行病发生时，有的患病严重，甚至死亡，有的患病轻微，逐渐自行痊愈，有的没有患病，均是因鱼自身体质和免疫力不同所致。