目前，有机肥料无害化处理主要有物理方法、化学方法和生物方法三种。物理方法如曝晒、高温处理等，化学方法是用化学物质除害（在有机食品生产中不能采用），生物方法如接菌后的堆腐和沤制等。
　　一、物理方法
　　1.暴晒法：就是利用太阳光中紫外线的杀伤作用，清除有机肥料中的病毒、寄生虫、恶臭物质等，如秸秆肥还田前、堆肥堆制前、畜禽肥出圈后、沼渣肥施用前、人粪尿施用前的曝晒处理等。该方法简便易行，省工省时，但养分损失大，易污染环境，且处理效果较差。
　　2.高温处理法：主要适用于堆肥，是利用有机物质分解释放出的能量来提高温度，以杀死肥料中的病虫。高温堆肥应掌握以下技术条件：
　　（1）堆制堆肥要求含水量是干材料的60%～75%，即用手紧握材料时能有水滴挤出，表示水分适度。
　　（2）在堆肥堆制前期，要保持良好的通气条件，必要时可设通气塔、通气沟等，后期要保持厌气条件，可拆除通气塔、堵塞通气沟等，可压紧、封泥，以保存养分和促进腐殖质的积累。
　　（3）堆肥内部温度可控制在50～60℃。当温度高于65℃时，可翻堆或加水降温，以利于氮素的保存。
　　（4）要求堆肥材料的碳氮比为25∶1，以有利于微生物对有机物质的分解。
　　（5）控制适宜的pH值。在堆制堆肥时，每50公斤秸秆加入1～1.5公斤的石灰等碱性物质，以将堆肥的pH值调节在7.5左右。高温堆肥的卫生标准是蛔虫卵死亡率达95%～100%，有效控制苍蝇孳生，堆肥周围没有活的蛆、蛹或新羽化的成蝇
　　二、生物方法
　　利用生物方法对有机肥料进行无害化处理，新概念肥是什么肥料在有机食品生产过程中最常采用。由于使用的微生物不同，有机肥无害化处理的堆、沤方法也有很多。
　　1.“301”菌剂堆肥
　　“301”菌剂具有生长周期短、繁殖快、易培养的特点。使用“301”菌剂，可在短时间内使秸秆充分腐熟成秸秆肥，杀除病菌、害虫、草籽，还田后培肥地力，增产效果显着。堆腐要点是“喝足、吃饱、盖严”。喝足即秸秆必须充分湿透，水分充足是纤维素水解的关键。吃饱即要用足“301”菌剂和尿素。堆制时，将湿透的秸秆分三层堆积，一、二层各厚50～60厘米，第三层厚30～40厘米，在各层上部撒上“301”菌剂和尿素，用量比自下而上为4∶4∶2。盖严，即堆积结束后，做好泥封，若冬季堆积，堆顶可盖地膜增温，或在堆内加少量驴粪、马粪，以利前期提温。
　　2.催腐剂堆肥
　　堆制技术要领是“水足、药匀、封严”。水足：按秸秆与水1∶1.7的比例，使秸秆湿透，确保发酵期的水分需要。药匀：按湿透后的秸秆量的0.12%施足催腐剂，用喷雾器均匀喷施，边喷边拌。封严：将施药后的秸秆堆垛成宽1.5米、高1米的秸秆堆，拍实，用土和泥密封，泥厚2厘米。
　　3.酵素菌堆肥
　　原料配比是秸秆∶麸皮∶钙镁磷肥∶酵素菌扩大菌∶红糖∶干鸡粪=50∶6∶1∶0.8∶0.1∶20（是原料公斤数，不是百分比）。将麸皮、钙镁磷肥、红糖、酵素菌扩大菌掺混均匀后，再和鸡粪一起依次撒在用水湿透的秸秆上，拌匀后堆于池内，稍微镇压，每天观察堆肥的温度、湿度。适宜的堆温为60～65℃，湿度为50%～60%。堆肥呈黑褐色腐烂状态且有光泽无任何异味时，即说明酵素菌堆肥堆制完成。
　　4.EM多功能发酵菌堆腐法
　　把各种有机肥源如米糠、稻壳和麦秸（粉碎品）充分拌和均匀→调整含水率30%～40%→将材料平铺高度20～30厘米→均匀喷洒“EM多功能发酵菌”→上面盖透明的聚乙烯薄膜→温度达到45～60℃时翻动3～4次→产生白色絮状毛，无臭气，即为发酵完成。夏天3～5天可完成，春季10～15天可完成，冬天适当加50℃的温水以加快完成。发酵完成后仍要堆放数周后再施用，这样可以把病原菌、虫卵、草籽杀灭，把臭气除去，同时可使肥料腐熟，提高肥效。
　　5.自制发酵催熟堆腐法
　　按米糠重量14.5%、油粕14%、豆渣13%、糖类8%、水50%、酵母菌0.5%的比例，先将糖类放在水中搅拌溶解，然后加入米糠、豆渣、油粕和酵母粉，在30℃左右的温度中进行45天的发酵，最后用草木灰按1∶1的比例掺混稀释，搅拌均匀，即制成堆肥催熟粉。将粪便与稻草等膨松物按10∶1的比例混合后，每100公斤混合肥中加入1公斤催熟粉进行堆腐。堆积10天进行第一次翻混，再隔10天进行第二次翻混，再过一周，堆肥熟化即完成。
　　有机肥料的无害化处理是环保型农业的需要，也是可持续发展农业的需要。进行肥料的无害化处理时，应按照中国农业网提出的因地制宜，遵循无毒、无害、无污染的原则，采用合理的处理方法，切不可造成新的毒害和新的污染。