杀菌剂是对病原微生物具有毒杀作用的化合物。杀菌剂的作用方式不同，使用方法也各异，但从根本上来说，杀菌剂防治病害的原理有3种，即化学保护、化学治疗和化学免疫。化学保护就是在植物未患病之前喷洒杀菌剂预防植物病害的发生，通过施用杀菌剂消灭或减少侵染源的目的就是要减少病原菌对作物造成侵染的可能性；化学治疗是在植物发病或感病后才施用杀菌剂使之对被保护的作物或者对病原菌起作用，改变病原菌的致病过程，从而达到减轻或消除病害的目的；化学免疫是利用化学物质使被保护作物获得对病原菌的抵御能力。
　　杀菌剂的使用方法有多种，每种使用方法都是根据病害发生的规律设计的。常见的使用方法主要有：对田间地上作物喷药、土壤消毒和种菌消毒3种。针对田间作物喷药，影响杀菌剂田间防病效果的因素也不外乎药剂、环境、作物三个方面，但杀菌剂在施用技术上比杀虫剂和除草剂的施用技术要求更高，尤其要充分了解病害的发生和发展规律，因为病害的发生和发展不像虫害和草害那样一目了然。要做到经济有效地选择与使用好杀菌剂，确保人身健康和环境安全的同时，最大限度地发挥杀菌剂功效，在实际生产中除了在选购杀菌剂时确保质量，防止假冒伪劣产品，以及不采购国家禁止使用的杀菌剂外，还需注意做好以下几方面工作。
　　
　　1贯彻“预防为主”的方针
　　
　　“预防为主，综合防治”是我国病虫害防治的基本原则。对于病害，其危害特点又不同于虫害，一旦症状显露或已具有一定的严重程度，再大力防治已为时过晚，损失已成定局。因此，无论是系统侵染型还是局部侵染型的病害，都应当在病菌入侵前或进入植物体的初期做好重点防治，阻止其危害。
　　
　　2依据病菌侵染规律，采取相应的防治对策
　　
　　作物病原菌传播的途径，按其病原来源及传播载体的不同可分为：空气传播、种子或秧苗带菌传播、土壤或土杂肥带菌传播、有害昆虫和螨类传播等几大类。如蚜虫、飞虱等传播病毒造成的病害（主要是病毒病），则应在带毒害虫危害作物前治虫；种子带菌传播的病害，如禾本科作物的黑穗病、蔬菜的软腐病等，需在播种前进行严格种子消毒处理；秧苗带菌则应先处理秧苗后下田；土传病害（包括多种线虫病），大多采用药剂处理土壤、苗床，如使用多种杀线虫剂或熏蒸剂等；气传病害，大都用常规叶面喷雾、喷粉（包括粉尘剂）的方法，并根据所用的保护剂、内吸剂、治疗剂的种类，来决定施药时间与次数。
　　
　　3根据防治对象和药剂性质，对症选药
　　
　　不同病原菌所引起的作物病害不一样，发病症状也有明显差别，因此，在选择杀菌剂药物时要求针对性强，而且药效应显著、持久，不可盲目地追求药剂的高效、广谱，甚至“万能”。如甲霜灵（瑞毒霉）对各种蔬菜霜霉病、早疫病、晚疫病等高效，但不能防治白粉病。同时，各种药剂的理化性质、生物活性、防治对象等各不相同，当一种防治对象有多种农药可供选择时，应选用高效、经济、安全的品种。
　　
　　4根据病原菌的流行规律及环境条件，确保施药适期
　　
　　不同病原菌的潜伏期、寄主场所不同，发病初、盛期也各有差异，而且还受外界的环境条件影响，尤其受被侵染作物的生长发育状况和温湿度影响较大。因此，在防治某一作物病害时，若能熟悉掌握致病病原菌的生活习性、流行规律及作物生长进度，则可适时做好病害防治，提高防治效果。例如控制条锈病的流行，最好用三唑酮拌麦种；控制穗颈及叶部稻瘟病，用三环唑浸稻秧后栽插；防治麦类赤霉病，关键在初花期施药；蔬菜播种或移栽前，应采取苗房、棚室施药消毒、土壤处理和药剂拌种等措施。
　　
　　5选择合适的施药浓度和数量
　　
　　杀菌剂的施用量应根据药剂的品质、剂型和环境因素，结合作物生长情况，依照商品说明书的推荐用量来掌握计算田块的用药量和配制浓度，否则会造成作物药害或者影响防治效果，只要把病害控制在经济损害水平以下即可，以求得用最少量药剂达到最好的效果，既省钱又减少污染。如防治白粉病，对于抗病品种或轻发生时只需粉锈宁 45～75 g/hm2（有效成分），而对感病品种或重发生时则需105～150 g/hm2。
　　
　　6轮换或混合施药，防止抗药性的发生
　　
　　应避免连续使用一种杀菌剂或在一个生长期连续数次用同一类杀菌剂，以免导致病菌产生抗药性，使药效明显降低，甚至无效。对此应采用轮换用药、混合用药、间断用药等措施来防止或延缓病害产生抗药性，而且采用混合用药方法，还能扩大病害防治范围。生产中一般采取保护剂与内吸剂交叉使用、喷雾剂与熏烟剂的交叉使用的方法，如生产中内吸剂可与百菌清、代森锰锌等品种配合或轮换应用；保护地蔬菜病害防治上，可以喷雾交叉使用百菌清烟雾片、粉锈宁烟雾剂等，提高防治效果，减少蔬菜食用器官的药剂沉积分布。但杀菌剂不能同微生物杀虫剂（如BT乳剂）混用。
　　
　　7安全用药，保证人身健康和环境安全
　　
　　乱用杀菌剂会造成对环境、作物、水产品、禽畜的污染；通过食品、饮料、呼吸等渠道进入人体，可以造成人体内某些药物的积累。因此，任何杀菌剂产品都不得超出其登记批准的使用范围。同时需要明确的是，杀菌剂使用应根据不同药剂的最后一次用药离作物收割的间隔规定使用，没有到用药后规定的天数的作物不能收获，马上采割的蔬菜作物则不可使用杀菌剂。
　　另外，在利用杀菌剂对田间作物直接喷洒时，应注意自然气候的影响，防止药剂失效或造成药害。如环境温度、湿度较高时，所用药剂浓度可适当减小些；对强光下易分解或挥发的药剂，则应在阴天或傍晚时使用；对粉尘类药剂，切不可在大风或暴风雨天使用；雨前或雨中禁止使用一切杀菌剂。