“菌肥”是从自然界中采集到的固氮活性菌种，经科学配方、组合加工研制而成的一种无公害新型复合生物肥。在农田中施用菌肥时应注意以下几点：因地制宜对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不撒施菌肥，用喷雾的方法效果更明显。因温制宜高温、低温、干旱条件下的农田不宜施用菌肥。施用菌肥的最佳温度是２５－３７℃，低于５℃或高于４５℃时施用效果较差。土壤含水量在６０－７０％之间时，菌肥的肥效较好。因混制宜不应将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥（如硫酸钾等）以及稻草灰等混用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。如果一定要用上述药、肥，可先施菌肥，隔４８小时后，再打药除草。将菌肥用于拌种时，切忌将拌有菌肥的种子与已拌有杀菌剂的种子混合使用。此外，应防止将菌肥与未腐熟的农家肥混用。因量制宜对于多年施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减施化肥和有机肥。因为农作物会对化肥产生依赖性，用生物菌肥取代氮肥，农作物一下子不能适应。菌肥的取代量应做到第一、第二和第三年分别取代氮肥的３０％、４０％和６０％。磷、钾肥只能补足，不能减少。因时制宜生物菌肥不是速效肥，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前７－１０天施用，效果最佳。