水稻恶苗病和干尖线虫病是以种子带菌，并以苗期为主要侵染时期的种传病害。稻苗感染发病后基本无药可治，最经济有效的办法是采取种子消毒处理，防治关键是选择好的种子处理剂和正确掌握其使用技术。根据近年来大面积推广应用情况，水稻种子处理可选用25%使百克乳油，或10%浸种灵乳油，或18%稻种清可湿性粉剂。具体操作如下：
25%使百克乳油：杂交稻种用2000倍液浸种24小时，为保证效果，浸种时间不得少于12小时；常规晚稻种子用3000倍液浸种48小时；浸种后直接催芽。该药是目前防治水稻恶苗病最佳药剂之一，但对干尖线虫病无效。
10%浸种灵乳油：每支（2毫升）加水8—10公斤，搅匀配成药液，然后浸入种子5—6公斤，浸种时间不得少于48小时，浸后直接催芽，不得清洗。该药对水稻恶苗病和干尖线虫病均有效。
18%稻种清可湿性粉剂：按每包（45克）加水10公斤，浸入种子7.5公斤。浸种时先将药剂倒入已称好的清水中搅拌均匀，再将稻种倒入药液用力搅拌。种子浸足48小时后用清水冲洗再催芽。该药对水稻恶苗病和干尖线虫病均有效，但需要注意家蚕安全。
注意：为保证效果，必须严格掌握浸种药液浓度和浸种时间。