随着食用菌生产的快速发展，不少生产者在从事菌类栽培的同时，也开始自己制作菌种。但由于技术和设备不到位，出现不少问题。在进行菌种生产过程中应注意以下几个问题：
一、引进母种"四要"。一是引种时一定要到正规、信得过的科研单位和菌种生产厂家引进，这样菌种质量才有保障。二是要明确菌种的特征特性，掌握适宜出菇的温度范围，做到心中有数，适时投料播种。三是引进菌种后，一定要做出菇试验，检验菌种的适应性，确保规模生产时万无一失。四是有些品种在冰箱中保藏后，需转管复壮后再扩接原种，否则，菌种很难成活。据试验，鸡腿菇、姬松茸、大球盖菇、金针菇、木耳类等品种，均是经复壮后再扩接原种更为保险。
二、培养料配方要科学合理。无论是生产原种还是栽培种，原辅料的比例一定要准确无误，培养料的碳氮比值一定要合理，特别是要控制氮元素的比例不能超标。否则，装瓶装袋后游离氨在瓶内、袋内无法排除，菌丝将无法定植生长，导致菌种生产失败。
三、灭菌要彻底，接种应无菌。菌种培养基用常压灭菌，应在100℃温度下保持12—14个小时。高压灭菌压力达到1.5千克／平方厘米后要保持1.5小时以上。接种时，应严格按照无菌操作进行。
四、发菌阶段应控温。高温季节生产菌种，自然气温高，在常规条件下培养发菌，控制料温升高是至关重要的一环。一是接种应在早晚温度较低时进行。二是摆放菌种时，瓶与瓶或袋与袋之间均应留有一定的空隙，有利于热量散发。如果瓶、袋紧靠，菌丝的呼吸热不能得到有效散发，势必导致高温烧菌现象发生，菌丝生长发育受阻，稀疏无力，菌种质量将严格受损。三是培养室应选择空气对流、通风良好的房间，温度高时，可随时通风降温。四是高温季节瓶、袋上面切忌覆盖，更不可堆码过高，否则，对散热极为不利。