肠炎：为金鳟稚鱼常见病，主要危害5克以下的稚鱼。症状：主要是肠管发炎，充血，无食物，常充满白色或黄色粘液。防治方法：主要是药饵防治，可制作抗生素药饵等进行防治。复方新诺明用量100毫克/千克鱼体重，连续投喂5天～7天，第1天药量加倍。
　　腹胀：主要危害上浮仔鱼到5克/尾的金鳟苗种。症状：病鱼腹部明显肿胀，胃内有饲料和水。防治方法：减少投喂量；投喂氟苯尼考药饵，用量15毫克/千克～30毫克/千克鱼体重，连续投喂5天～7天。
　　烂鳍：金鳟苗种相对于虹鳟苗种更容易发生烂鳍病，主要危害10克/尾～50克/尾的苗种，可造成少量死亡。症状：病鱼背鳍前部肿胀发炎，出现出血病灶。防治方法：降低养殖密度，用1ppm溴海因（10%）浸洗40分钟～60分钟；或投喂药饵，用量每100千克鱼体重加8克～20克土霉素，连续投喂5天～7天；内服外用结合效果更佳。
　　鼓眼：主要是养殖水中氮气含量较高引起，危害10克/尾～50克/尾的苗种，可造成少量死亡。症状：病鱼眼球突出，个别眼球坏死，或脱落。防治方法：增加养殖用水溶解氧。
　　烂鳃：此病为金鳟苗种培育中最常见的细菌性疾病，主要危害从上浮仔鱼到10克/尾左右的鱼种。在饲养密度过高、水中氨态氮含量增加、溶解氧下降、水质混浊等条件下，容易引起该病的发生。主要症状：病鱼食欲减退或停止进食，不活泼，鳃盖外张，慢游在池边和排水口。鳃部分泌大量粘液，鳃丝肿胀，鳃盖闭合不正常，鳃丝末端发白，个别鳃丝有出血点，并局部褪色，死鱼逐渐增加，死亡鱼嘴部张开。预防方法：降低鱼的饲养密度，增加水流量与溶氧，保持鱼池水质清洁，减少氨态氮等有害物质的刺激，适当控制饲料投喂量，避免过度饱食。小心管理操作，尤其是遇暴雨或分级、挪池后应用适当药物消毒，减少细菌感染的机会。治疗方法：以外用消毒和内服相全抬。用1%～2%食盐浸洗30分钟，浸洗1次～3次；或用0.5ppm～1ppm聚维酮碘浸洗30分钟～60分钟，浸洗1次～3次；或用0.5ppm～1ppm二溴海因（10%）浸洗30分钟～60分钟，消毒次数可根据鱼苗体质和发病情况灵活掌握。内服抗生素类，如每100千克鱼体重加8克～20克土霉素制作药饵投喂等。
　　小瓜虫：又称白点病，对苗种危害较大，是一种流行广、感染率高、危害大的纤毛虫病，如不及时治疗，会造成大批死亡。主要症状：小瓜虫寄生在金鳟的体表、鳍条、口腔、眼球和鳃体中。寄生在体表和鳍条时，寄主受刺激分泌粘液包围，形成白色囊泡，呈现出许多小于1毫米小白点。寄生在眼球，可使眼球浑浊、发白。寄生在鳃上，引起鳃上皮细胞增生，粘液分泌增多，鳃丝粘连、糜烂，引起继发性烂鳃和鳃霉病。病鱼常侧身磨体，表现不安，贴池边游动，食欲减退，出现死亡。预防方法：预防小瓜虫病，应该和小瓜虫的生活史相结合。小瓜虫是一种原虫，由感染鱼或携带虫体的其它生物、器械带入鱼池，或随养殖水源进入鱼池。成熟的虫体离开病鱼后立即形成胞囊，粘附在鱼池底、壁或其它固体表面，胞囊内逐渐分裂成许多个体，即幼虫母体，通常一个胞囊能形成2000多个幼虫母体，最后破囊而出，变成感染性幼虫，此期幼虫周身长有丰富的纤毛，借此游向鱼体，依靠头上的穿刺腺钻入鱼的皮肤和鳃，传染性最强。如果1天～2天内没有发现宿主，幼虫会自行死亡，保持鱼池清洁卫生对预防小瓜虫病十分重要。治疗方法：小瓜虫病的治疗一直是困扰鳟鱼养殖的难题，特别是近几年来，国家加强了对鱼药使用的管理，以前惯用的硝酸亚汞、孔雀石绿等严禁使用。我们采用以下方法治疗小瓜虫病：孵化室培育苗种期间（鱼池小、换水快、操作方便）主要使用2%～3%食盐溶液消毒20分钟～40分钟。在大池培育时，用300ppm辣椒粉汁液和300ppm生姜汁液浸洗30分钟～60分钟，以杀灭小瓜虫。另外，每7天调换一次干净鱼池，降低再次感染小瓜虫的机会，并用1ppm～1.5ppm二溴海因（10%）浸洗60分钟，以预防继发感染细菌和水霉。
　　三代虫：主要发生在苗种培育后期，危害不大。症状：虫体寄生在鱼的体表、鳃部和鳍上。鱼鳃浮肿、鳃盖张开，鳃丝暗黑色，鱼体色暗黑无光泽，离群缓游，病鱼不摄食，逐渐瘦弱死亡。防治方法：可用3ppm～5ppm晶体敌百虫浸洗40分钟～60分钟。