目前人们关于化肥对农作物品质影响的误解，一是认为化肥使蔬菜、瓜果等作物营养品质、风味、口感等变差了，二是认为化肥使作物安全品质下降了。其实，这都是片面偏听一面之词造成的误解。

作物营养品质、风味、口感下降

  影响农作物营养品质、风味及口感等品质指标变化的因素包括品种、环境和包括施肥在内的农业措施等；而多年来以高产为目标选育品种，且在选育中忽视品质性状，是造成品质变化的主要原因。化肥对农作物品质的影响取决于其施用是否合理。因施化肥而导致瓜果、蔬菜口感变差、风味不好等问题通常只发生在不平衡施肥，尤其是施氮过量的条件下；而大量的科学实验和生产实践已经证实，在平衡施用化肥的条件下，品质指标不仅不会下降，反而会显著改善。与其说蔬菜、水果风味等品质的下降是因施化肥而引起的，不如说是因为施肥方法不合理而引起的。有机肥与化肥配合施用在一定程度上能够改善农作物的品质，但有机肥的不合理施用同样会产生上述品质问题。

作物硝酸盐含量过高

除了品种因素外，蔬菜等作物硝酸盐含量过高的直接原因是土壤有效氮含量过高，而引起土壤有效氮含量过高的主因显然并不只是化肥。大量调查资料分析表明，在蔬菜生产氮素总投入中，来自化肥的不超过50％，而来自有机肥的氮与之大致相等。另外，有研究结果表明，即使是在单施有机肥条件下，若其用量过大，也会产生蔬菜硝酸盐过量的问题；而在单施化肥条件下，只要用量合理，施用得当，还会造成作物硝酸盐含量超标。因此，将硝酸盐问题的责任强加于化肥是片面的。

作物重金属污染

首先，造成农作物重金属污染的主因是工业“三废”对农田的污染，其影响大于施肥。第二，即使考虑到肥料中所含重金属的影响，这种影响是否到了环境不能承载的严重程度，尚无定论。以镉污染为例，尽管长期施用含镉磷肥会增加土壤镉含量，但国外相当多的定位试验都揭示出这种增加过程非常微弱。中国磷肥镉含量低，在目前的平均施磷量条件下达到污染的程度，可能需几百甚至上千年时间。即使在某些施磷量较多的作物和土壤上，只要注意控制磷肥用量并选择低含镉量磷肥，土壤镉污染也会控制在允许范围之内。第三，与有机肥相比，化肥对农作物重金属污染的影响可能要小得多。尽管有机肥中镉含量不高，但因施用量大，长期对土壤镉含量的影响并不亚于单施化肥。这一点已为Rothamsted试验站自1850年起进行的定位试验所证实。在该试验中，每年施有机肥35吨/公顷的土壤，镉含量增加的幅度大于施用磷肥的。由于中国很多地区的农作物，尤其是蔬菜生产，有机肥的施用量远远超过上述水平，因此，由于机肥大量施用而引起的类似问题可能比化肥更为突出。第四，相当多的长期定位试验结果表明，尽管施用磷肥会在一定程度上增加土壤重金属（如镉）含量，但对于是否会增加农作物镉含量尚无定论。在一般条件下，因磷肥促进农作物生长对重金属“稀释”的正作用，足以弥补因施磷肥引起的农作物内重金属含量提高的负作用。