甜瓜的分枝能力比较强，几乎每节都能够长出一个侧枝，要及时整枝。秋冬茬甜瓜通常要求保留主蔓，用子蔓结瓜。具体整枝方法为：根据所用甜瓜品种的结瓜特性，在植株中部留2条子蔓结瓜，其余的侧枝一律摘掉。结瓜蔓在第1艨花以上留1～2片叶摘心，上长出的孙蔓也要及早打掉。嫁接甜瓜在植株营养供应不足时，容易形成和尚头瓜以及发酵瓜等不良瓜，故坐瓜后要根据植株的生长情况进行抹杈。
　　对长势比较强的植株，可不留孙蔓，长势弱的植株应适当保留部分孙蔓，保证植株有足够多的叶面积制造营养。瓜秧爬到绳顶后，在顶部预留下2～3个子蔓或孙蔓用于结二茬瓜，结瓜部位以上留2～3片叶摘心。
　　甜瓜的茎部容易发生疫病，特别是摘除侧枝的伤口处容易染病。为减少病害，有人在整枝时，与侧枝基部留下长1厘米左右的短茬保护主干，并且将整枝时间要安排在晴暖天的上午，植株茎叶表面无露水时进行，这一经验值得借鉴。
　　甜瓜茎蔓上的卷须数量比较多，对植株的营养消耗量也比较大。要随长出随打掉。打卷须时也应在基部留下一小段断茬，保护主茎。