不同生态的棉区，一般都会结合当地的生产实践，选留在本地区有产量和质量优势的棉花当家品种。无病棉区会选用常规的丰产品种。枯黄萎病严重的棉区，会选用抗病品种。棉铃虫多发区，会选用既抗病又抗虫的棉种。但选好了优良的当家棉种，并不等于就有了优良的棉种质量。特别是在今年不利的气候条件下，棉种质量问题显得更为紧要。今年棉花吐絮期间，晴好天气少，阴雨期长，气温低，种花收购数量严重不足。同时，部分棉种的成熟度差，含水量高。如果明年棉花面积适度恢复性发展，那么，棉种的供求就会出现强烈的反差。因此，各地棉区当家品种选定之后，必须要认真地把好质量检验和贮藏关。科学测定发芽率。做好棉种发芽试验。
    一能测定可用棉种数量多少；
    二能确保优良品种的普及面积；
    三可防止盲目过量用种；
    四可做到一播全苗。
    发芽试验应严格地按照科学规程，分期分批多点取样进行。发芽势好，发芽率高于80%以上的棉籽才能作种。对于畸形幼芽、腐烂幼芽较多的棉籽，是绝对不能当作种子使用的。认真翻晒棉花种子。当选的棉花种子，要认真地做好播前晒种。尽管现在棉种多数要进行精加工包衣处理，但包衣前均应先晒好种。因为，晒种能促进棉种的后熟作用，增强旺的生活力和酶的活性，提高种皮的透性和发芽率，又可杀死棉种上附着的部分病菌。一般棉种要晒2～3次，每次连续晒2～3天。要晒到口咬棉种清脆，手摇棉种能听到响声为止。一般水泥晒场晒种，要先垫上油布或其它隔离物再晒棉种。否则，温度高时会形成哑籽，影响发芽率。严格控制棉种贮藏水分。贮藏的棉种，水分含量多少是影响发芽率的主要因素，据试验，棉种含水量为8%时，贮藏多年，仍可保持较高的发芽率；含水量为12%时，贮藏到播种期，可保持正常的发芽率；含水量为13%时，发芽率降至49%；含水量为15～17%，贮藏2～3个月，发芽率低于40%；含水量为18～20%时，贮藏 1个月，大部分棉籽不能发芽。这是因为，含水量高的棉种，呼吸作用旺盛，释放热量大，消耗养分多，有利霉菌繁殖，产生有毒物质，制约了棉籽的生命力，降低发芽率。
    因此，贮藏的棉种，一要控制含水量；二要定期测定水分；三要定量分堆存放；四要创造通风排湿环境。