为了提高中药材种子品质，防治种子病虫害，打破种子休眠，促进种子萌芽和幼苗健壮成长，中药材种子在播种前要进行处理。其主要常规处理方法归纳如下：
　　
　　一、选种 选取颗粒饱满、发育完善、不携带病虫卵细菌、生活力强的种子。数量少可选择手工选种，数量大时可用风选。
　　
　　二、晒种 播种前晒种能促进某些药材种子的生理后熟，使种子内部新陈代谢，提高种子成活率、发芽势和发芽率，并起到杀菌消毒的作用。晒种一般选晴朗天气晒2天～3天。在水泥地上晒种时，注意不能摊得太薄，以防烫伤种子，一般以5厘米～10厘米为宜。每隔2小时～3小时翻动一次，使种子受热均匀。
　　
　　三、浸种 用冷水或40℃左右温水直接浸种，可使种皮老化、透性增强，并能杀死种子内外所莓病菌，防止病害传播，促使种子快速、整齐地萌发。若浸种时采用一些化学物质直接进行种子处理，可得到更好效果。
　　
　　1.用生长激素处理。常用激素有吲哚乙酸、赤霉素等。
　　
　　2.在水中加入微量元素浸种。常用的微量元素有硼、锌、锰、铜、钼等。
　　
　　3.擦伤和破壳处理：有些药材种子坚硬，富含蜡质，不透水，影响种子的萌发。采用人工破壳、搓擦等方法损伤种皮，可促进萌发。如杜仲可采用的破翅果，取出种仁直接播种；黄芪、穿心莲的种子种皮有蜡质，可先用细砂磨擦，再用温水浸种，可显著提高发芽率。
　　
　　四、层积处理 即一层湿砂、一薄层种子、再盖一层湿砂，再撒一薄层种子，如此重复堆积处理的方法可打破种子休眠，促进后熟和萌发。如芍药、黄连、银杏等种子常用层积处理来促进萌芽。
　　
　　五、拌种 一般用药剂拌种，可起到杀菌消毒、促进生长和吸收的作用。如每500克种子加3克～4克50％多菌灵拌种，可杀死种子表面及土壤中的病菌，防止细菌猝倒病。此外，采用细菌肥料拌种，可增加土壤中有益微生物，把土壤和空气中植物不能直接利用的元素变成植物可吸收的养料，从而促进中药材的生长发育。现常用的菌肥有根瘤菌剂、固氮菌剂等。
　　
　　除以上常用的方法外，还可用射线、超声波处理药材种子，有促进发芽、生长旺盛、早熟增产等作用。