安全用药在专业技术人员的指导下，制订正确的治疗方案，严禁使用禁用药物。一是选择用量小、效力强、对水体及水生生物毒害小、无毒副作用、无残留；二是许多养殖品种对特定的药物很敏感，应禁用。例如：虾蟹对聚酯类、有机磷等敏感；鳜鱼、鲈鱼对硝酸亚汞、敌百虫等有机磷农药敏感等等。
　　正确用药使用渔药前，要全面考虑到光照、水温、pH值、水体肥度等影响用药效果的各种因素，避免影响疗效。根据不同类型的药决定用药时间，例如杀虫剂一般选择在太阳刚出来时或者下午太阳落山后用药，杀菌药一般在白天上午施用，见光易分解的药物（如含碘类、二氧化氯等）应在太阳落山后下药为好。
　　交替用药长期单一使用一种药物，病原体会对药物产生抗药性，导致药量必须一次次增加。因此，应注意交替使用同效的不同药物。
　　综合用药很多水生动物疾病是由多种病原体混合感染造成的，治疗时要有综合性，一般是先杀虫，后治细菌性疾病。
　　配伍用药渔用药物大多属于化学物质，因此，两种药物相混合，可能会出现协同、拮抗、无关作用。发生拮抗作用的药物不能混合使用，而有协同作用的两种药物在相互配伍使用时能起到很好的效果。
　　及时用药一旦出现疾病就要及时采取措施，这时病原体的密度小，尽早用药会取得很好的治疗效果。
　　持续用药治疗病害时，要考虑到可能出现假愈期，要坚持用药疗程，维持水环境中一定药物浓度。