土壤中的有机质能显着改善土壤的理化性状，使土壤耕性变好，渗水能力增强，提高土壤蓄水、保肥、供肥和抗旱防涝能力，增产明显，这是化肥不能替代的。增加土壤有机质的方法主要是增施有机肥，包括人畜粪尿、土杂肥、秸秆、商品有机肥等。在过去传统农业生产中，有机肥发挥了重要作用。随着现代工业发展，化肥的施用亦越来越广泛，具有施用简便、速效和高产的特点，为农业生产发展做出了重大贡献。但如果不遵循“以有机肥为主，化肥为辅”的施肥原则，长期单一、大量使用化肥，易造成土壤板结，地力下降，土质酸化严重，反而会制约作物产量，影响产品品质。农业现代化的不断发展，有机肥在农业生产中的作用重新受到重视，用有机肥种出的农产品口感佳，能够有效保持瓜果蔬菜等本身特有的营养和味道，有机肥在农业生产中的作用也逐渐被广大群众所认知：
　　1.有机肥中有大量的有益微生物，能分解土壤中的有机物，增加土壤的团粒结构，改善土壤组成。微生物在土壤中的繁殖速度非常快，他们就像一张看不见的大网，错综复杂。微生物的菌体死亡后，在土壤中留下了很多微细的管道，这些微细的管道不但增加了土壤的透气性，而且还使土壤变得蓬松柔软，养分水分不易流失，增加了土壤蓄水蓄肥能力，避免和消除了土壤的板结。
　　2.有机肥中的有益微生物还能抑制有害病菌的繁殖，这样就可以做到少打药，如果连续多年施用，可以有效抑制土壤有害生物，省工、省钱、无污染。
　　3.土壤中的微量元素95%以不溶态形式存在，不能被植物吸收利用，而微生物代谢产物中含有大量的有机酸类物质，这些物质就像在冰块中加入的热水一样，很快就能把微量元素如钙、镁、硫、铜、锌、铁、硼、钼等植物必需的矿物元素溶解，变成可以被植物直接吸收利用的营养元素，大大增加了土壤的供肥能力。
　　4.有机肥中的有益微生物利用土壤中的有机质，产生次级代谢物，其中含有大量的促生长类物质。如生长素，能促进植物伸长生长，脱落酸能促进果实成熟，赤霉素能促进开花坐果，增加开花数、保果率，提高产量，使果实饱满，色泽鲜嫩，还能提早上市，达到增产增收。
　　5.有机肥中的微生物具有很强的生命力，在土壤中长期存活，固氮菌、解磷、解钾菌等微生物，可利用空气中的氮并释放土壤中不易被作物吸收的钾和磷，持续供给作物养分。所以有机肥还具有长效性。
　　6.化肥的实际利用率只有30%～45%。损失的化肥一部分分解释放到大气中，一部分则随着水土流失掉了，还有一部分被固定在土壤中，不能被植物直接吸收利用。当施入有机肥后，由于有益生物活动改善了土壤结构，增加了土壤保水保肥能力，从而减少了养分的流失。加上有益微生物解磷解钾作用，能使化肥有效利用率提高到50%以上。