一看整齐度。混有其他稻谷的杂交水稻种子粒型不整齐，混入的父本和其他籼稻，明显比杂交水稻种子细长饱满，粳稻谷则较圆。
　　二看谷壳色，杂交水稻种子谷壳上略带不均匀的黄褐色等生理性杂色，而父本保持系谷粒颜色较为统一，保持系和其他混杂谷粒比杂交水稻种子透明度高，谷壳比杂交水稻种子光滑。
　　三看柱头痕迹，非杂交水稻谷粒因多属于自花授粉，雌蕊柱头痕迹遗留在谷壳内部，剥开谷壳在米粒顶部可见一点浅黑色的柱头痕。而杂交种属异花授粉，柱头外露，仔细观察谷粒内外稃夹缝中间，可发现一点不明显的黑色柱头痕迹，这是识别杂交水稻种子和其他稻粒的重要依据。
　　四看染色，测定方法是把稻谷壳胚部纵切成两半，取每粒的一半洗净放入稀释成60倍液的红墨水中浸渍，1小时后取出用清水冲洗，如果种胚没染色或染色较浅，证明种子有生命力；若染色较深，证明种子已丧失活力。这样便可识别出杂交种子里不发芽的变质种子。
　　五看种子净度，用手抄一下种子，十指沾有细粉状物，证明种子纯净度达不到国家规定的标准（99％）。
　　六看种子水分含量，简便的方法是用牙咬谷粒，如有尖脆响声，则含有量基本正常；若无尖脆声或谷粒断面不整齐，则种子含水量一般高于正常标准（13%）。