导致棉种发芽率低的常见原因水分在目前生产条件下，棉花种子常在不控制的  自然温度条件下贮藏，因而种子的含水率就成了影响种子发芽力和发芽率的主要因素。在自然温度下，棉种含水率20％，存放一两个月发芽力基本丧失。此外，棉种不能及时晾晒，在含水率较高的情况下进行包装、堆积产生热量，若不能及时散热，较高的温度将导致种子丧 失生命力。
    　　种子破碎含水率较高的棉种，在选择用压花机、锯齿机等机械进行加工时，易造成较高的棉种破碎率，而破碎的种子很容易造成发芽率降低。
    　　冻害存储不慎产生冻害，导致棉种丧失生命力。提高棉种发芽率的方法晾晒将种子平铺于席子上，厚2厘米左右，每日翻匀7~8次，选择阳光下晾晒5天，使水分降至12％以内。据统计，自然条件下贮藏棉种，当种子含水率7％~9 ％，最高不超过11％时，就可保证棉种有较高的发芽力达3年以上；相反，若棉种含水率高达13％时，贮藏一年发芽率大约降至49％。
    小心脱绒在选择用机械脱绒时，一定要把种子的含水率降至12％以内。同时，调节好机械锯片间距，把破籽率降至最低。

种子收获要及时收获后，要选择合适的晾晒场所，傍晚要及时收入干燥、通风的室内。
    避免种子在含水率较高时，受到冷空气侵袭造成冻害。