蔬菜中的许多病虫害是由种子带病传播的，例如：瓜类炭疽病、细菌性角斑病、番茄叶霉病、早疫病、病毒病等。为了杀灭种子上可能携带的病原菌和虫卵，催芽或播种前必须对种子进行消毒，常用的方法有：温汤浸种、药剂处理、种子干热处理。　
　　　
　　 一、 温汤浸种　
　　　
　　温汤浸种又叫热水烫种，是一种适用多种蔬菜的种子消毒方法，可以杀死潜伏在种子表面和内部的病原菌，方法简单易行，可与浸泡种子结合进行，方法是将种子放入５～６倍于种子量的５５℃～６０℃水中浸泡１０～１５分钟边浸边搅拌（朝一个方向），待烫种时间到了以后，要把水温迅速降到３０℃左右，开始转入浸种。浸种时间据品种而定。如：黄瓜、番茄、甜椒、甜瓜等浸种４～６小时，茄子、苦瓜、西瓜等浸种２０～２４小时，黑籽南瓜、葫芦等浸种４８小时。
　　
　　 二、 药剂处理　
　　　
　　药剂处理分药剂浸种和药剂拌种。药剂处理前应先将种子用清水浸泡２～４小时，然后再置入药剂中进行处理，处理后应用清水将种子冲洗干净。否则易产生药害。１．药剂浸种：这种消毒方法因防治病原物的种类不同而有所不同。若防治番茄、辣椒病毒病，可先将种子用清水浸３～４小时，然后浸入１０％的磷酸三钠或２％氢氧化钠水溶液中，２０分钟后取出，用清水反复冲洗干净。若防治蔬菜苗期猝倒病、番茄早疫病、茄子褐纹病等，可将种子用清水浸３～４小时，再浸入４０％福尔马林的１００倍液中，２０分钟取出，用湿布盖好闷２～３小时，再用清水洗净。若防治甜椒炭疽病和细菌性斑点病，可将种子先用清水浸２～４小时，再浸入１％的硫酸铜溶液中，５分钟后取出，用清水洗净。若防治黄瓜炭疽病和角斑病，将种子先用清水浸２～３小时，再浸入升汞１０００倍液中，１５分钟后取出，用清水冲洗干净，防治黄瓜枯萎病，可用５０％多菌灵５００倍液或福尔马林１５０倍液浸种６０分钟，捞出用水洗净。２．药剂拌种：药剂用量一般为种子干重的０．３％。在浸种处理后均匀拌在种子上，也可与种子混合均匀，常用的杀菌剂有：７０％敌克松可防治番茄、辣椒、茄子立枯病和菜豆炭疽病。５０％福美双可防治菜豆叶烧病，氧化亚铜可防治黄瓜猝倒病。
　　
　　 三、种子干热处理：将干燥的种子放在７０℃的干燥箱中处理２～３天，可使种子上附着的病毒钝化，失去活力，并能增加种子活力，促进种子萌发整齐一致，此法可防治西瓜、辣椒、番茄病毒病。