目前，细菌病已成为大菱鲆养殖中危害最重的疾病。因此，必须正确诊断，及早防治。弧菌病大菱鲆幼鱼肠道白浊，腹部膨胀，眼球突出或混浊，解剖检查，肠道有炎症，附黄色或黄红色黏液，体表溃烂。易在水温10℃～16℃的低温期或稚鱼期发病。
　　防治方法：用盐酸土霉素、四环素、金霉素等，每天每千克鱼用50毫克～75毫克；长效磺胺E、制菌磺等，每天每千克鱼用200毫克混在饲料中，连喂3天～7天。
　　链球菌病 病鱼眼球突出，眼周充血，鳃盖内侧充血发红或剧烈出血。
　　防治方法：每天每千克鱼用盐酸强力霉素20毫克～50毫克混入饲料中，连喂7天。
　　假单胞菌病 病鱼鳃盖出血，鳍腐烂，体表形成含有脓血的疖疮或溃疡，易发于夏初到秋季。
　　防治方法：保持养殖密度适中；每天每千克鱼用四环素50毫克与饲料混合，连喂10天以上。
　　爱德华氏菌病 病鱼腹部及两侧发生大面积脓疡，脓疡的边缘出血，病灶因组织腐烂发出强烈的恶臭味。腹腔内严重积水。幼鱼期发生较重。
　　防治方法：可用氟哌酸等抗菌药物治疗，但应注意防止产生抗药性。
　　滑走细菌病病鱼头部、躯干、鳍等处都发红出血，在发病后期引起皮肤溃疡或尾鳍腐烂。低水温期易发生此病。
　　防治方法：用复方新诺明投喂，每天每千克鱼用50毫克～100毫克拌入饲料中；每天每千克鱼用土霉素100毫克～150毫克拌入饲料中投喂，连续投喂1周。