因为银杏具有生理后熟现象，也就是采收后必须经过一段时间，方可完成胚的发育，达到完全的生理成熟，所以一定要在贮藏中给其创造良好的环境条件，促进胚的发育。常用的方法有：
　　一、干藏法
　　少量干净银杏种子阴干后，装入麻袋或编织袋内，平放在室内干燥通风处，每袋25～50kg，经常打开检查，去除发霉的。
　　二、窖藏法
　　大面积育苗时，银杏种子数量多，则选背阴、地形较高、排水良好地挖地窖贮藏。窖深、宽各0.8m，长度随种子数量而定。窖底铺10cm干净湿河沙，窖中每隔1m 竖立窖内，至离地面20cm处，盖上湿沙。再填细土堆成尖顶，盖上草帘。窖的四周挖好排水沟，防止雨水流入。气温高于-5℃，封冻前每隔7～10天扒开检查1次，封冻后每隔2～3周扒开检查1次，拣出霉烂的种子。
　　三、水藏法
　　少量干净的银杏种子可直接浸入清水池中，种子高度不超过20cm，水面高出5cm，2～3天翻动1次，3～5天换1次水。
　　四、砂藏法
　　银杏种实采收后，堆积或泡在水里数天，使外种皮烂熟后，淘洗干净，去掉杂质和浮果，阴干3～5天后与干净的湿砂（黄砂或河砂均可，一定要淘洗干净）混在一起，银杏种子与湿砂的体积比为1：3～4，堆放在室内通风处，高度不超过50cm。砂的湿度以握在手里成团，水不从指缝中渗出，手放开后砂团散开为适宜。贮藏中每月要翻动1～2次，定期检查防止高温和砂过干或过湿，并注意防鼠害。这是最安全、常用的方法。
　　五、带外种皮银杏种子贮藏法
　　将采收后外种皮完好无损的银杏种实摊放在通风向阳的场地晾晒，每晚翻动一次，等3～5天后外种皮水分大部分失去而呈皱折状时，装入麻袋放在室内通风处。也可用1 体积种子加2体积河沙（沙的含水量为5%）混匀后，堆放在室内通风处，高20～30cm。贮藏中15～20天翻动1次，控制河沙干湿度，过干时应适当洒水增湿，发现霉烂银杏种子，立即剔除。