1、三明1号菌株栽培普遍。该菌具有以下优良性状：菌丝生长快，7天可满管，25～30天菌丝可长满瓶或袋。出菇快，30多天即可出菇；栽培周期短，70～80天便可完成整个栽培周期。产量高，生物效率可达70%～100%。质量好，菌柄粗细均匀，色泽淡，人体所需的8种氨基酸含量占氨基酸总量的44.5%，高于一般菇类。适温宽，3～21℃下均可出菇。抗逆性强，病菇与畸形菇少。
　　2、浓色品系007、008幼菇菌盖淡黄至黄褐色，菌柄上部色淡，为白色至浅黄色，下部色深，为金黄至暗褐色，密被褐色短绒毛。抗逆性强，接种后菌丝吃料快，出菇早，产量较高。菇蕾生长期间只需微弱散射光(5～10勒克司)，菇体颜色随光照增强而加深。浓色品系金针菇菌盖软滑，菌柄脆嫩，香味浓郁，适于生产鲜菇内销。
　　3、白色品系F21浙江省江山市微生物研究所菌株。出菇整齐，每丛200株左右，柄长15～23厘米，菌盖内卷，不易开伞。白色品系对光线不敏感，即使栽培环境有较强的散射光，子实体仍是通体洁白，有光泽，适合制罐或盐渍加工出口。白色品系金针菇菌丝生长较慢，抗逆性差，抗杂能力弱。瓶、袋栽培时，菌丝不易长透培养料。出菇期间对二氧化碳耐受力弱。在通气不良的环境中，菇蕾发生虽多，但成菇数量少，且菇柄易扭曲、畸形或腐心。这种现象在后期尤其严重，故生产中常只收前两茬菇，所以产量较低。白色品系金针菇菇体洁白，适合于加工成出口商品。因其味淡，内销有时不及浓色品系金针菇受欢迎。
　　4、杂19福建三明真菌研究所选育，菇体白至浅黄色，下部黄至浅褐色，菌丝生长温度3～30℃，最适温度22～24℃，子实体形成温度3～18℃，最适温度13～15℃，生物学效率80%～120%。
　　5、苏金6号江苏省微生物研究所选育。菇体白色至浅黄色至黄色，菌丝最适生长温度22～24℃，子实体形成温度3～20℃，最适温度13～15℃，生物学效率80%～120%。