蔬菜作物在留种过程中，由于没有设置必要的隔离措施或隔离不严格，常引起不同品种、不同亚种、不同变种间出现天然杂交，导致品种混杂退化。如甘蓝类的不同变种间品种串粉后，结球甘蓝变得只长外叶不结球或结小球。花椰菜则不能形成肥嫩的花球或先期散球现蕾。苤蓝表现叶柄粗，球茎小，先期抽薹。因此，蔬菜良种在留种过程中，要严格注意隔离。

    一、距离隔离

    留种时将容易发生天然杂交的品种、变种、亚种之间隔开足够的距离即可。如瓜类蔬菜（瓠瓜、南瓜、西瓜、甜瓜、苦瓜、丝瓜等）原种生产需保持 500～1000米的隔离距离；十字花科蔬菜（大白菜、红菜薹、小白菜、芥菜、甘蓝、萝卜、花椰菜、四月蔓、芜菁、芜菁甘蓝等）原种生产需保持 1000～2000米的隔离距离，生产用种需保持500～1000米的隔离距离；百合科葱属蔬菜（大葱、洋葱、韭菜、蒜等）、黎科蔬菜（菠菜、甜菜等）、菊科蔬菜（莴苣、茼蒿等）以及伞形花科蔬菜（如胡萝卜、芹菜、芫荽等），它们的原种生产需保持1000～2000米的隔离距离，生产用种需保持 500～1000米的隔离距离；常异花授粉蔬菜作物，如蚕豆、黄秋葵、甜椒、部分辣椒及茄子品种原种生产需保持500米以上的隔离距离，生产用种需保持 200～300米的隔离距离；自然授粉作物如菜豆、豇豆、豌豆等原种生产需保持100～300米的隔离距离，生产用种需保持30～50米的隔离距离。

    二、自然障碍隔离

    如利用山丘、林带、果园、连片房屋、大河（湖）中小岛等进行隔离。自然障碍隔离多用于自花授粉蔬菜留种时的隔离。

    三、时间隔离

    主要采用一定的保护栽培设施、恰当的季节安排和必要的技术处理等措施，使不同品种的开花期前后错开，以避免天然杂交。此法适用于一些能多次播种、多次开花结实的蔬菜，如不同类型的菜豆品种可在保护地内栽培留种，菜豆春播夏收时留种、菜豆翻秋留种，甚至可将不同品种安排在不同年份栽培留种。但对于葱、蒜及豆类蔬菜种子，因其很容易丧失发芽率，所以不能采用分年度留种方法。

    四、器具隔离

    对于南瓜、丝瓜、西瓜、冬瓜等花朵大、雌雄异花的蔬菜作物，开花前可采用细金属丝或夹子在开花前夹住雌花，授粉后再夹住雌花，可防止天然杂交，也可以用塑料纱、棉纱、尼龙纱或金属纱制作的纱罩罩起来，还可用具有透气性的纸袋套住花序。这些措施可有效地防止昆虫传粉或风传粉，避免天然杂交。经器具隔离的蔬菜作物需进行辅助授粉，如人为振动植株或利用昆虫授粉等。