鳜鱼养殖是高投入、高产出、高效益的养殖，对鳜鱼来说，病害防治工作与合理的养殖密度与养殖方式、水质、放养规格以及日常管理技术等密切相关。养殖方式及放养密度的不同，对鱼体健康和生长的影响较大。一般应根据池塘条件、进排水设施、水深、水质、饵料鱼来源、出塘规格要求及饲养管理水平来决定养殖方式及放养密度。
    要做好病害防治工作，首先要做到环境的消毒，包括池塘、鱼体和工具的消毒。即使健康的鳜鱼也难免带有病原体，所以放养前对鱼体也要进行消毒处理，一般使用20～40克/升的食盐水，浸泡5～10分钟；池塘一般用生石灰彻底消毒；工具、网具一般用10克/立方米硫酸铜溶液浸泡10分钟或用5％漂白粉溶液浸泡洗刷后，用清水冲洗净使用。
    不管是苗种培育阶段，还是养殖成鱼阶段，对投喂的饵料鱼也必须加强检疫和药物消毒，投喂前的药浴消毒，现配现用消毒的药物常用8克/立方米的硫酸铜溶液浸泡20分钟，或用20克/立方米的高锰酸钾溶液浸泡20分钟。也可以对饵料鱼培育池全池泼洒药物消毒。
     在鳜鱼苗种培育期间，易患车轮虫等原生动物性疾病，可用含苦参碱成分的中草药进行预防，在鳜鱼养殖中后期，由于是高温季节，并且快速生长要求摄食强度的增加，排泄物也有所增多，要注意防治细菌性疾病，可用二氧化氯类消毒剂进行预防治疗，这时根据水源、水质情况，每周安排换水1～2次，每次调换量为池水的 1/3～1/2。在5～10月份的重点养殖季节，也可以每15～20天每亩施放生石灰25～30千克或溴氯海因、二溴海因200～250克，以调节水质和杀死病菌。
    由于鳜鱼是底栖性鱼类，且有早晚捕食的习性。所以预防性用药时间一般要避开早晚，在中午前后用药，要做到泼洒均匀。鳜鱼在患有肠炎、烂鳃病和出血病时，需服用药饵，其投喂方式与其他水产品种不一样，由于鳜鱼是捕食活鱼的，药饵需先由饲料鱼吃进，再由鳜鱼捕食，用药量比较大。药饵投喂前，应在鳜鱼池中放入充足的饵料鱼，药饵投喂量为池中饵料鱼体重的5％～6％，保证药饵投喂量充足，鳜鱼捕食后药饵才能发挥作用。
    病害的发生是由环境条件、病原体、养殖对象三者之间相互作用的结果，放养的鱼类苗种质量差，抗病力就弱，也就易患病，因而要严把种苗关，选择优质的鳜鱼苗种是预防鳜鱼病害的重要工作。要避免近亲交配，放养的优质苗种应该要规格一致，游动活泼，体色鲜亮，无伤无病害。
    鳜鱼喜欢瘦水的环境，水质不可偏酸以防止出现多种病害。养殖水体中要移植一些沉水植物，如轮叶黑藻等净化水质，有利于鳜鱼增加对疾病的抵抗力。
     鳜鱼苗种培育阶段，适宜用挂袋法预防疾病。常用的药物有漂白粉、硫酸铜和硫酸亚铁合剂（5:2）。一般把漂白粉装入竹制的挂篓内，每篓装漂白粉100克，每袋装硫酸铜100克和硫酸亚铁40克，每200平方米左右的水面设一处挂点即可，药物要求能达到5小时以上的溶解时间。
    成鱼养殖阶段疾病的预防，一般使用福尔马林、硫酸铜和硫酸亚铁合剂（5:2）、漂白粉和高锰酸钾，适于用泼洒法轮流交替使用，每隔10～15天用药泼洒1次。使用福尔马林浓度为25毫升/立方米，硫酸铜和硫酸亚铁合剂（5:2）0.7克/立方米，漂白粉1克/立方米，高锰酸钾1克/立方米。在网箱中泼洒预防疾病时，宜用硫酸铜和硫酸亚铁合剂与食盐交替使用。食盐0.5～1克/升，硫酸铜和硫酸亚铁合剂（5:2）为0.7克/立方米。
    由于鳜鱼对有机磷杀虫剂、敌百虫非常敏感，故一般不使用敌百虫等药物，对硫酸铜、硫酸亚铁合剂也易产生明显的耐药性，故在预防鳜鱼疾病时尽量少使用这些药物。
     高密度单养高产养殖方式易发生暴发性病害，在投喂饵料鱼时，适当增加花白鲢、银鲫在池塘中的剩余量，鲤鱼做鳜鱼的饵料鱼，不适宜大量投入，因为有时会引起池塘水质混浊变坏。同一池塘一般不要连续数年单养鳜鱼，以免使某些特定的病原生物得以繁生，一些微量元素逐渐贫乏，有害物质累积，最终导致病害频发，所以要考虑种植茭白、莲藕、水花生等经济水生植物改善水质，或进行池塘鱼、虾，蟹等主要品种的换养和轮养，以利于病害防治。
    鳜鱼鱼病的防治要贯彻预防为主、防治结合的病害防治原则。鳜鱼是一种食肉性鱼类，一般情况下病害较少。但在高密度主养时，易遭受寄生虫侵袭和有害细菌的感染，严重时还会出现暴发性的病毒性病害，对鳜鱼病害的防治要结合池塘的清整，彻底消毒，清除淤泥，杀灭病原微生物。在冬季排干塘水冻塘曝晒1～2个月。春季每亩用生石灰 100千克左右干法清塘或生石灰150千克带少量水清塘。苗种下塘和饵料鱼投喂前要做好病原检疫和药物消毒，尤其是投喂前对饵料鱼药浴消毒或培育池全池泼洒，防止鳜鱼养殖中的病从口入。投喂前的药浴消毒，现配现用消毒的药物常用8克/立方米的硫酸铜溶液浸泡20分钟，或用20克/立方米的高锰酸钾溶液浸泡 20分钟。