过去几十年来，我国种植业生产过度依赖化肥投入和单一种植的问题非常普遍，有机肥投入比例不断下降，这些因素导致我国农田表现出几种典型的土壤障碍。
　　土壤酸化一般认为土壤酸化就是酸性土壤，其实这是两个完全不同的概念。
　　酸性土壤反映的一种土壤酸碱状态，是指pH小于7的土壤，而土壤酸化指土壤中氢离子增加或土壤酸度由低变高的过程。除成土母质风化产生的盐基成分淋失、土壤微生物代谢产生有机酸等是导致土壤酸化的天然因素外，当前生产过程中氮肥的过量施用与大水漫灌等是加剧土壤酸化的最主要因素，由于过量施用铵态氮肥到土壤中，转化硝态氮过程中产生H+，而伴随硝态氮的淋洗，H+与土壤胶体吸附能力高于钙镁离子，故钙镁等盐基离子将会伴随着硝酸根淋洗，使H+在土壤表层积累；其他一些措施如作物残茬没有还田和缺乏有机肥施用等会加剧酸化过程。
　　土壤盐渍化我国干旱、半干旱和半湿润地区的土壤易出现盐渍化，是指土壤底层或地下水的盐分随毛管水上升到地表，水分蒸发后，使盐分积累在表层土壤中的现象或过程。土壤盐渍化除受气候干旱、地下水埋深浅、地形低洼以及海水倒灌等自然因素影响外，还与灌溉水质、灌排制度以及重施化肥轻施有机肥等人为因素密切相关。
　　生物学障碍土壤由于土地资源短缺、种植习惯与经验、过量水肥投入、环境条件和经济利益驱动等原因，我国在同一地块上连续种植同一种作物的现象比较普遍，导致土壤养分供应失衡、土壤酸化和盐渍化伴随产生、植物源有害物质的积累和土壤有害生物的累积等，使植株出现生长和发育受阻，病、虫、草害严重从而导致减产等问题。此外，作物自身产生的化感物质，也会影响作物生长，增加土传病害的危害，对维持生态平衡和系统的稳定性具有重要影响。我国存在生物学障碍的土壤较普遍，尤其在集约化生产的设施蔬菜中较为严重，几乎所有的设施菜田存在生物学障碍。