生态预防鱼病是利用鱼类生态和养殖水体生态学原理预防鱼病的方法。它是按照养殖鱼类的生态属性和养殖水体的生态环境特点，根据鱼病发生和发展的规律来防止鱼病的发生，抑制鱼病的发展，直至消除鱼病的方法，它是传统养鱼方法和现代生态学原理预防鱼病的有机结合。目前，在水产养殖过程中，滥用药物的现象日趋严重，水产品中的药物残留超标严重影响了水产品质量。采用生态方法，调整、改善、保护鱼类自身及生活的环境，控制甚至消灭病原，达到合理调整水体生境、又可保护生态环境的目的，这也是顺应当代绿色养殖及环保的需要。
　　改良养殖品种
　　根据不同养殖鱼类的生态特点，利用现代生物技术进行鱼类种质改良，选育抗逆性强和抗病力强的优良品种作为主要养殖品种。这种方法主要是通过改变鱼类本身的抗病性能而达到预防鱼病的目的。
　　增强养殖鱼类的自身免疫力
　　一个养殖水体的鱼患病，一部分较轻，甚至不感染；另一部分严重，甚至死亡，主要是源于鱼体自身的免疫力和抵抗力不同造成的。在养殖中，可通过调节鱼体活动、养殖结构和饲养方法来提高鱼体自身抵抗力，还可以利用鱼类种间免疫的特点，使鱼体获得对某些疾病的免疫力，从而达到防病抗病的目的。具体可从养殖的各方面做起：一是在养殖夏花鱼苗和冬片鱼种中，除加强养殖管理，还要适时进行拉网锻炼。拉网锻炼可促进鱼体新陈代谢，排出体内废物，增强鱼苗体质，可以提高运输和分塘养殖的成活率，还可提高养殖鱼类的生长速度。二是在鱼种放养时间上秋冬放养优于春放。因为春放的鱼种在经过一个漫长冬季，鱼体消耗很大，体质弱，自身抵抗力和免疫力差，再是随着温度的上升，此时拉网、运输对鱼体的刺激和拉网擦伤易使鱼患水霉病，甚至造成死亡。三是放养鱼种的消毒。生产实践证明，即使健壮的鱼种也难免带有病原体。在鱼种落塘、分塘、转塘等放养前，应有针对性地对鱼体进行药浴消毒。四是养殖模式。不同鱼类食性、栖息环境不同，合理混养既可以充分利用水体空间和饵料资源，又可以防治某些疾病；可根据不同鱼类的生态习性，合理搭养和混养鱼类，利用杂食性鱼类清除残饵的功能、滤食性鱼类净化水质的作用，合理调整吃食性、杂食性和滤食性鱼类的品种和比例。五是鱼种放养规格。可改放小规格鱼种为放大规格鱼种；还可采用稀放快速养鱼法，将夏花当年育成斤两鱼种或商品鱼等。这些方法都有效地阻止鱼病发生，提高了养殖鱼类的成活率。六是可根据某些病原对寄主的专一性，实行隔年轮养不同鱼类品种方法，达到预防鱼病。七要适应鱼类的生态要求，加强投饲管理措施。在按常规“四定”投饲的同时，应根据鱼类营养要求和摄食规律，尤其是在饲养草鱼时，一定要精粗结合，以防草鱼肠炎病和猝死的发生和蔓延；根据季节和水温的变化，灵活掌握投饲；另外坚持巡塘、及时清除残饵杂物等。
　　改善甚至控制养殖水体的生态环境
　　养殖水体是鱼类的生存环境，水质如何，直接影响鱼类的生长发育和疾病的发生，改善甚至控制养殖水体的生态环境（如水体的温度、溶氧、酸碱度、透明度、某些离子的浓度等）是降低鱼类发病率的有效措施之一。掌握和控制水体的生态条件来防治鱼病是探索生态防治鱼病的重要途径。
　　（1）池塘的清理
　　即改善底质淤泥是养殖水体的耗氧源之一，也是病原体的藏身之处，其中还含大量有害物质；在缺氧、极端温度和极端气候等不良的情况下会产生硫化氢等有害气体，直接或间接引起鱼类发病或死亡。因此高产鱼池有必要每年清淤消毒。具体可在冬季干塘捕捞后，排干塘水，结合维修塘堤，清淤、铲除塘边杂草、进行晒塘处理。在投放鱼苗前一周，用生石灰（每亩150千克～200千克）清塘消毒。
　　（2）清理并改造进排水系统
　　做到进排水道分开，防止鱼病的交叉传染，避免“老水”同灌，不同的池塘互相排灌，并能应付突发事故。
　　（3）科学调节养殖水体的水质，包括物理、化学和生物方法。
　　①精养池塘采用水泵等适时抽取老水、更换新水也是行之有效的防病措施，但每次换水量应在20～30％。用增氧机增加水中溶氧及改善溶氧的分布状况，并排除有害气体等。对集约化养殖，养殖鱼类发病率在不同水温下有明显不同的特点，采用升高或降低水温的办法来减少疾病的发生。
　　②主要的养殖鱼类都适宜生长在中性或微碱性水体中，偏酸性的水对养鱼有害处。利用生石灰可以达到清塘、消毒和调节水的酸碱度的目的。适当采用水质改良剂如沸石粉、麦饭石也可改善水质，有去除有害气体、有害离子的作用。
　　③利用光合细菌、硝化细菌及复合微生物在水中增氧及分解有机物等来调节水质。水体透明度过小时，视情况可采用水生植物净化或用明矾沉淀有机物。