除草剂灭草具有省工、快速、彻底等诸多优点，但除草剂种类多，性能特点各异，使用不当极易造成对作物的药害。实践证明，要使除草剂既能充分发挥药效又不致伤害作物，必须注意以下几个方面的问题。
一、了解除草剂在杂草和作物间的选择途径　
　　施用除草剂时可利用作物与杂草在形态、生理、生长发育等方面的差异及除草剂的一些特性，避免对作物产生药害，共有4个途径。
　　1.时差选择:利用一些除草剂残效期短的特性，在作物播前或播后出苗前施用不会影响作物发芽和生长，如西玛津防除玉米田杂草在玉米播后苗前使用安全有效。
　　2.位差选择:利用杂草和作物植株高矮和根系的深浅不同，将除草剂施于杂草茎叶或土壤表层，而对植株较高大、根系较深的作物无害，如灭生性的草甘磷用于果园除草。
　　3.形态选择:有些除草剂起作用是利用单双子叶植物在叶片宽窄、角度、角质层厚度及生长点是否裸露等方面的不同，在同样施药情况下，双子叶植物叶片宽大平展(受药面积大)、角质层薄(药剂易展布及渗入)、生长点裸露，从而易被杀死，单子叶植物情况相反可不受伤害，如2，4-D类适于禾本科作物田内防除双子叶杂草属于此种类型。
　　4.生理选择:有的作物体内有特殊的水解酶可使除草剂分解而不受害，杂草无此功能即被杀死。如敌稗用于稻田内除稗草对水稻安全属此类。
实际应用时，应根据作物和杂草两方面的特点确定采取哪种选择方式保护作物，如果园除草利用位差选择，农作物田除草多用时差及形态选择。另外，有的作物对一些除草剂具有自然抗药性，如玉米、大豆、花生对拉索抗药力较强，小麦对绿麦隆抗药力强，水稻对敌稗抗药力强，在选择除草剂品种时应可优先考虑。
二、明确除草剂的除草对象
　　除草剂的防除范围有广有窄，多数品种具选择性，有一定的除草范围，有的只能杀死一年生杂草，如敌草隆;有的适于杀双子叶杂草，如2，4一D类;有的适于杀单子叶杂草，如拉索，需根据农田杂草种类组成对症选用。少数是灭生性的，凡是绿色植物都能杀死，但使用不安全。较适用于果园、林地及非耕地，如草甘膦。
三、弄清除草剂的作用方式和作用点
　　除草剂的杀草作用方式主要有触杀和内吸两种，前者只能杀死杂草接触药剂的局部组织，不能在体内传导，一般只能杀死一年生杂草，如除草醚;后者能被杂草吸收，并在体内传导，能杀死多年生深根性杂草，如草甘膦、茅草枯。另外，触杀型除草剂的作用点有的是地上部的茎叶(如果尔、利农)，有的是芽(如五氯酚钠、除草醚);同样，内吸型除草剂的作用点也不同，有的是茎叶(如草甘膦)，有的是芽(如氟乐灵)，还有的是根(如绿麦隆)，也有的兼有两个作用点，如茅草枯既能被茎叶吸收也能被根吸收。这就决定了有的除草剂对已出土的杂草无效，如氟乐灵，只能在播前作土壤处理，有的除草剂则对末出土的杂草无效，如草甘膦必须在杂草苗期作茎叶处理。总之，弄清除草剂的作用方式和作用点是确定施药方法和时间的依据。
四、选择适宜的施药方法和时间
　　除草剂的具体施用方法有喷土面、喷土面后混土、撒药土和喷茎叶4种，前3种方法主要用于使用点是芽和根的除草剂，是农作物除草用得较多的方法;喷土面后是否混土，一是根据药剂的特性，有的易光解，喷后必须立即混土，如氟乐灵;有的须在光照条件下才有效，则不能混土，如除草醚。二是混土与否均可的，是否混土需看土壤墒情而定，干旱时应及时混土并镇压保墒。喷茎叶(或称茎叶处理)用于作用点是叶片的除草剂，如苯达松、稳杀得等，应在杂草较小时施药，并注意尽量不要将药喷于作物上。
　　另外，从作物方面来看，施药时间有播前、播后苗前、出苗后三个时期。前两个时期为土壤处理，杂草出苗后一般进行茎叶处理，但应注意在作物抗药力强的阶段用，也可在中耕除草后进行。
五、严格掌握用药量
　　因杂草与作物亲缘关系近，用药量过大易伤害当茬及后茬作物，用量应比施用杀虫剂和杀菌剂严格得多。除草剂用量通常是用亩有效成分表示，各种除草剂亩用量从5g到200g不等(多为50-100g)，应严格按说明书要求的剂量使用，不可随意加大，以免产生药害。但有的除草剂适当加大用量可扩大防治范围，则另当别论。如稳杀得除一年生杂草用量为40-50ml/亩，如增至130-167ml/亩可防除多年生杂草。
　　此外，在生产上确定某种除草剂用量时除了看说明外，还应考虑杂草的大小、土壤质地、有机质含量、土壤湿度、温度等因素，一般在杂草较大、粘土、有机质含量高、干旱、低温时用药量应加大，反之用量则减少，总之，应根据当时当地的具体情况，选用说明书中要求用量的上限或下限。