1、充分干燥
对大豆来说充分干燥是种子安全贮藏的关键，一般长期安全贮藏的大豆水分必须在12％以下，如超过13％，就有霉变的危险。大豆干燥以带荚为宜，首先要注意适时收获，通常应等到豆叶枯黄脱落，摇动豆荚时互相碰撞发出响声时收割为宜。收割后摊在晒场上铺晒2—3d，荚壳干透有部分爆裂，再行脱粒，这样可防止种皮发生裂纹和皱缩现象。大豆入库后，如水分过高仍须进一步晾晒，晒干以后，应先摊开冷却，再分批入库。
2、低温密闭
大豆导热性不良，在高温情况下又易引起红变，所以应该采取低温密闭的贮藏方法。一般可趁寒冬季节，将大豆转仓或出仓冷冻，使种温充分下降后，再进仓密闭贮藏，贮藏大豆对低温的敏感程度较差，因此很少发生低温冻害。为防止大豆直接从大气中吸湿，冬季入库的大豆表层上面应压盖一层经过清理和消毒的旧麻袋。可起到隔热作用，并能保持原有的正常色泽和品质。
3、及时倒仓过风散湿
大豆在贮藏过程中，进行适当通风很有必要。适当通风不仅可以保持大豆的发芽率，还能起到散湿作用，使大豆水分下降。
新收获的大豆正值秋末冬初季节，气温逐步下降，大豆入库后，还需进行后熟作用，放出大量的湿热，如不及时散发，就会引起发热霉变。为了达到长期安全贮藏的要求，大豆入库3～4周左右，应及时进行倒仓过风散湿，并结合过筛除杂，以防止出汗发热、霉变、红变等异常情况的发生。
4、大豆种子贮藏一般是袋装堆垛，但不宜堆放过高，以免引起发热、霉变、红变现象。一般堆高2米左右。
5、不宜与化肥或农药同贮。以免降低种子质量。