随着温度的不断降低，番茄出现了不少生理性问题。
　　落果  番茄果实在开花授粉3～4天后开始膨大，7～20天后膨大速度最快，果实不断吸取影响膨大，外界环境的变化与管理不当，使番茄果柄形成层细胞分裂受到影响，果枝无法承担果实重量，导致落果。目前番茄落果的主要原因是温度调控与肥水管理方面的问题，夜温过低和旱涝不均都会影响果柄形成层细胞分裂。对发生落果现象的棚室，除对棚室环境调控外，还可以用5%萘乙酸水剂5000倍液喷雾，减少落果。
　　上部叶片黄化  主要从叶柄或叶片的下部开始向叶尖蔓延，叶脉和叶肉都发黄。这主要是由肥水管理不当伤根沤根造成的，在冬季棚室中发生十分普遍。对根系受伤的植株，首先要降低棚室土壤湿度。湿度过大，土传病害易危害根系，可以通过化锄使土壤快速散湿，同时减少浇水或控制浇水量。其次，浇水时可以配合施用甲壳素、海藻酸、氨基酸类等促生根肥料，诱发新根生长。再次，注意叶面补充微量元素，促进叶片叶绿素合成。
　　空洞果  大棚番茄产生空洞果，主要是由肥料使用不当或激素使用过多造成的。激素和氮肥都会使番茄果实快速膨大，授粉受精不良的果实胎座部分膨大缓慢，果实内部得不到充实，形成空洞果。地温过低、光照不足、根系受伤等都是造成空洞果的原因。防治番茄发生空洞果，应减少激素的使用次数和用量，注意多补充钾肥，合理施用氮磷钾肥，注意提高棚内温度，增加光照，加强肥水管理。