收获成熟洋葱鳞茎过晚，或鳞茎收获前雨水过多，或鳞茎在地里时被水淹过，或收获后鳞茎没有晾晒干，或收获后晾晒时鳞茎遭到雨淋，或贮藏初期鳞茎堆积过厚而发热，或贮藏期温度偏高，或贮藏期鳞茎表面干皮脱落较多，或鳞茎上有伤口等，均易造成鳞茎腐烂。收获后的洋葱鳞茎在经过90天左右的休眠期后若贮藏环境温度超过5℃，就会发芽，加上湿度大，会使发芽速度加快，并长出新根，商品性降低。
　　选种耐贮品种，如黄皮洋葱中的扁圆形鳞茎的品种。在收获前，适时对准备贮藏的洋葱喷洒抑芽丹。在快到洋葱收获期时停止浇水，并要防止降雨淹地。适时收获成熟鳞茎，避免损伤鳞茎和折断叶片。起获的鳞茎应排放在田间晾晒，可用后排的洋葱叶片盖住前排的洋葱鳞茎防晒伤。过3-4天当叶片有七八成干时，按鳞茎大小编辫，每辫5-7千克。将编好后鳞茎瓣摆平（鳞茎在下、叶辫在上）继续晾晒，中午光照强时可暂时用物遮挡。注意在此期间，需采取措施防雨淋鳞茎。如临时堆放覆盖塑料布，雨过后再摊开。过6-7天叶辫由绿变黄、鳞茎外皮充分干燥后进行室外码垛贮藏。在码垛贮藏期间，要采取措施注意防雨、防潮、防晒、防碰伤、防本身发热等。