1.根腐病：危害苗木的根腐病有两种类型：即细菌性根腐病和圆斑根腐病。前者为细菌性病害。根部被害形成大如核桃，小于豆粒状的肿瘤，受害苗木植株矮小，叶片黄化、脱落。后者由真菌危害所致，主要由镰刀菌侵染所致，这种病菌潜伏在土壤中，当环境适宜时，产生菌丝，使林木根部接触后被侵染，受害苗木地上部分症状表现有萎蔫型、青干型、叶缘焦枯型、枝枯型等。造成枝条干枯，皮层坏死易剥离，最后全株枯萎死亡。 
　　2.白绢病：根部感染后病部呈黄褐色至红褐色湿腐、多汁液，后期皮层组织腐烂成泥状，有酸味，地上部分枯死。
　　3.根白腐病：该病为真菌性病害。主要通过病根与健康根部接触而传染，病害发生后不断向四周蔓延，而使其他苗木染病。感病部位表现为淡紫色，接着出现黑色斑块，斑块逐渐转成白色，松类苗木根部还有流脂现象。病苗地上部分表现为针叶转黄色或淡黄色，叶形短小、早落、枯萎。
　　4.根朽病：该病由担子类真菌侵染引起，针、阔叶树种及其幼林，成熟林都会被侵染。主要症状是感病后苗木地上部分枝叶变黄、早落或叶形变小，枝叶稀疏，枝条枯萎死亡等；针叶树种在根茎部位发生流脂现象。在苗木受害的病根皮层内，病根表面及土壤内，有黑褐色的根状菌索。在苗床表土延伸，接触到其他苗木根部时，沿根部表面扩展，使主根及侧根染病，使苗木枯萎死亡。
　　5.白纹羽病：该病是一种真菌侵染所致的病害，先侵入苗木根部的须根，然后扩展到侧根、主根。病根表面有白色或灰白色网状菌丝，在腐朽苗木的根部产生圆形黑色菌核。它主要危害果树及针、阔叶树种。
　　防治方法
　　1.土壤消毒　育苗时给苗床进行药剂消毒。对多种根部病害杀菌效果较好的药剂有绿亨一号2000至3000倍液，绿亨二号、甲基托布津，或绿亨一号加福美双（1∶9）500至600倍液灌根。灌根以每年早春及夏末病菌开始活动时分两次进行为佳。
　　2.加强肥水管理　增强苗木长势，提高抗病性，苗木四周要开好排水沟，以降低地下水位；在干旱时要及时抗旱，利于根系健壮生长。苗木进入生长期后，应增施磷钾肥，增强植株抗病力，及时发现病株，立即清除，并带出出圃地烧毁，防止交叉感染，开沟带隔离病原。
　　3.及时用药　苗木病害发生后，应分别类型、对症用药。根腐病可在病株根部浇灌0.2%至0.3%的亚砷酸钠；白绢病可用绿亨一号800至1000倍液灌根处理；根白腐病可浇灌50%退菌特可湿性粉剂800倍液或70%甲基托布津可湿性粉剂800倍液；根朽病可浇灌福美双500至600倍液；白纹羽病发生后，拔除病株后立即用20%石灰水消毒土壤，用50%退菌特可湿性粉剂800倍液灌根防治，均有较好的防治效果。