辣（甜）椒烂果是多种病害的共同症状，但病源不同，症状各异，防治方法也不一样。
　　软腐病引起的烂果初呈水渍状暗绿色斑，后全果软腐，具恶臭，果皮变白，干缩后脱落或挂在枝上。其它部位很少症状。可喷施72%农用链霉素4000倍液或50%DT杀菌剂500倍液，7天1次，连喷2-3次。棉铃虫、烟青虫是传病媒介，要及时用菊酯类农药喷杀。
　　疫病引起的烂果多数先从蒂部染病，呈水渍状灰绿色斑，后迅速变褐软腐。湿润气象，外表长出疏落的白色霉层，病果干缩不脱落。其他部位如茎杈枝叶上，常有水渍状褐斑。可喷64%杀毒矾与55%瑞毒霉混杂液（50公斤水中，两药各加100克），或58%甲霜灵锰锌400倍液，或47%加瑞农800倍液，7天1次，连喷2-3次。
　　灰霉病和菌核病引起的烂果灰霉病以门椒、对椒发病较多，在幼果顶部或蒂部涌现褐色水渍状病斑，后凹陷糜烂，呈暗褐色，外表涌现灰色霉层，其他部位症状较少。菌核病由果柄发展到全果，呈水渍状糜烂，浅灰褐色，其他部位也有类似的症状。湿度大时可用速克灵烟剂熏，湿度不大时可选喷速克灵、菌核净或50%速克灵与70%甲基托布津混杂液（60公斤水中两药各加50克），或40%菌核净与50%扑海因混杂液（60公斤水中两药各加50克），6天1次，连喷2-3次。
　　炭疽病引起的落果接近成熟时易染病。初呈水渍状黄褐色圆斑，中央灰褐色，上有稍隆起的同心轮纹，常密生小黑点。湿润时，病斑外表常溢出红色粘稠物；单调时，病部干缩成膜状，易破裂浮现种子。叶片染病，初为水渍状褪绿雀斑，后变为边缘褐色，中部浅灰色的小斑。可选喷百菌清、甲基托市津和新万生，以新万生效果最好，7天1次，连喷2-3次。
　　绵腐病引起的烂果果实受害糜烂，湿度大时，上生大批白霉。可喷50%DT杀菌剂500倍液或14%络氨铜水剂300倍液，7天1次，连喷2-3次。
　　黑霉病引起的烂果通常果顶先发病，也有的从果面开端，初期病部色彩变浅。果面渐渐紧缩，并生有绿黑色霉层。可喷50%DT杀菌剂500倍液或58%甲霜灵锰锌400倍液，7天1次，连喷2-3次。
　　日灼病引起的烂果高温气象，果实向阳部分，受阳光直晒，使果皮褪色变硬，产生灰白色革质状斑，易被其他菌腐生，涌现黑霉或糜烂。应及时浇水，改良田间小气象，均衡供水，减少该病发生。
　　脐腐病引起的烂果果实脐部受害，初呈暗绿色水渍状斑，后迅速扩展，皱缩，凹陷，常因寄生其他病菌而变黑或糜烂。可干着果后喷洒1%过磷酸钙或0.1%氯化钙。如病部变黑或糜烂，可按黑霉病或软腐病防治。