泥鳅在饲养过程中发病很少，发病多是因为日常管理和操作不当而引起的，一旦发病，治疗起来也很困难，因此对泥鳅的疾病应以预防为主。
　　一是泥鳅的饲养环境要选择在避风向阳、靠近水源的地方进行。泥鳅对水质的要求不高，但被农药污染或化学药物浓度过高的水不能作为泥鳅养殖用水。苗种放养前，要将池塘进行彻底清整、消毒，并在池塘中种植一些水生植物，给泥鳅提供一个遮荫、舒适、安静的生活环境，同时，水生植物的根部还为一些底栖生物的繁殖提供场所，为泥鳅提供天然饵料。
　　二是要选择体质健壮、活动力强、体表光滑、无病无伤的泥鳅苗种。在鳅苗下池前进行严格的鱼体消毒，杀灭鱼体上的病菌，同时使鱼体处以应激状态，促进泥鳅分泌大量黏液，在下池后，能避免病原体感染。
　　三是确定合理的放养密度。在泥鳅养殖期间，如放养太稀，则造成水面资源的浪费；放养过密，容易导致泥鳅生病。
　　四是定期加注新水，改良池水水质，增加池水溶氧，调节池水水温，减少疾病的发生。要注意的是，在加注新水时，每次的换水量不宜过大，一般以换掉池水的1/5左右为宜；在换水时要注意，在注入地下水或冷浸水时，要进行充分的曝气和自然升温，避免因池水温度忽高忽低而引发疾病。
　　五是加强饲料管理工作。泥鳅是一种杂食性淡水经济鱼类，尤其喜食水蚤、丝蚯蚓以及其他浮游生物；动物性饲料一般不宜单独投喂，否则容易使泥鳅贪食不消化，肠呼吸不正常，因“胀气”而死亡；对腐臭变质的饲料绝不能投喂，否则，泥鳅易发肠炎等疾病。
　　六是在饲养过程中，定期用药物进行全池泼洒消毒，调节水质，杀灭池中的致病菌。在成鳅养殖期间抓好水质培育是降低养殖成本的有效措施，同时符合泥鳅生理生态要求，可弥补人工饲料营养不全和摄食不均匀的缺点，还可以减少病害发生，提高产量。放养后根据水质使用追肥，保持水质一定肥度，使水体始终处于活爽状态。