每年秋季，自然水温下降到18～20℃时，罗非鱼就要进入温室越冬。长江中下游地区一般在10月底、11月初。越冬的主要是亲鱼、后备亲鱼和鱼种。罗非鱼越冬放养密度较高，极易患病死亡，在管理上一定要注意，因此在越冬前要进行强化培育，多投喂些营养丰富、配比合理的饲料，增强体质，提高成活率。
    罗非鱼进温室前应带水捕捞，避免鱼体在池底挣扎受伤和被底泥呛到，进温室后引发水霉病和赤皮病。把受伤严重、体质差的罗非鱼一律淘汰，以免越冬期间死亡后造成池水污染和病害传播。除水池消毒外，进池越冬的亲鱼、鱼种可用3%～4%的食盐溶液浸泡5～10分钟，或用20毫克/升的高锰酸钾溶液浸泡10分钟，以减少病害的发生。罗非鱼进入温室后，在开始的8～10天内尽量将水温调节在20～25℃之间，使其尽快地恢复因捕捞和运输引起的损伤，增强体质，同时也预防了水霉病的发生。罗非鱼的越冬管理极其重要，根据以往的经验，主要应注意以下六点：
    一、水质越冬池放养密度比平时养殖大很多倍，换水也不方便。罗非鱼由于越冬期长，在越冬期间，应选择晴天水温较高时段进行换水或补充新水，以降低越冬池水肥度，保持水质清新。注意换水时应使用井水或无污染河水（如越冬规模不大，也可用曝过气的自来水），平时少量换水，即每次换水量控制在1/3或1/4，前后水温相差不超过3℃。若水质较差要进行大量换水时，水温尽量调节一致。如遇长时间阴雨天或寒流天气、不方便换水时可使用微生物制剂进行调水，同样能起到降低越冬池水质肥度的效果。
    二、水温在罗非鱼正常越冬期间，应将水温维持在其生长温度下限，这样鱼的活动、摄食、耗氧都处于较低水平，能够减少饲料投入，同时减少燃料的支出，降低越冬成本。若水温过高，鱼的代谢水平、吃食、活动增强，排泄物也增多，会污染水质，氨氮、硫化氢等有毒有害物质会急剧增多，容易引起鱼中毒死亡。因此，在越冬期间内，宜将水温控制在18℃以上，切忌忽高忽低。
    三、溶氧在越冬期间，由于越冬池放养密度大，所以要注意增加水体的溶氧，防止鱼因缺氧引起泛塘而造成损失。同时为了保温越冬温室都尽量密封，所以要在天气晴朗时注意通风，更新温室内的空气。
    四、投饵在越冬期间，应注意投饵方法、投饵数量和饵料的质量。饲料一般以膨化料、浮料为主，因为膨化料粘合性较好，不易散失，能够准确掌握投饵数量，减少浪费。有条件的可加投一些豆饼、蚕蛹粉、菜饼、米糠、麸皮之类的饲料，也可以喂一些切碎的蔬菜叶，以补充一定量的微量元素和维生素。饵料一般在早晨和下午各投喂一次，投饵量以鱼在半小时内吃完为准，如天气突变或水温较低，可减少投喂量或投喂次数。
    五、防病在越冬期间由于水温较低，水体中病菌、硫化氢、氨氮等相应增多，鱼本身的免疫力下降，抗病力减弱，只能通过加强饲养管理，并采取严格的防病措施降低发病率，要定期进行水体、鱼体消毒，做到“无病先防、有病早治”，坚持每天观察鱼的活动状况，当发现鱼游动迟缓、摄食减少时，应及时检查、诊断和治疗。
    六、管理 至越冬后期，由于气温升高，食量增大而水质较差，所以应加强日常管理，加大换水量，特别要注意对产苗亲本进行强化培育，以便在较短时间内恢复体质、加快性腺发育、提前进行生产。而对于鱼种，除提高饲料质量和数量外，还应做好出塘前的各项准备工作。